本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算。

本基金之主管機關為行政院，管理機關為促進轉型正義委員會（以下簡稱促轉會）。

本基金之收支、保管及運用，應設促進轉型正義基金管理會（以下簡稱本會），置委員十五人至十七人，其中一人為召集人，由促轉會主任委員兼任；一人為副召集人，由促轉會主任秘書兼任；其餘委員，由促轉會就下列機關代表或人員聘兼之：

前項第十一款專家、學者，應具備轉型正義、人權、法律或基金財產經營管理相關專業。

本會委員任一性別比例不得低於三分之一。

本會委員任期二年，期滿得續聘之；均為無給職。機關代表職務異動時，應隨其本職進退；專家、學者或民間團體代表出缺時，應予補聘，其任期至原聘任委員任期屆滿之日止。

本會每六個月召開會議一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集並主持之；召集人因故不能出席時，由副召集人代理之；副召集人亦不能出席時，由出席委員互推一人代理之。

本會之會議應有全體委員過半數之出席始得召開；應有出席委員過半數之同意始得決議；正反意見同數時，取決於主席。專家、學者或民間團體代表應親自出席，不得代理；機關代表因故不能出席時，得指派代表出席，並參與會議發言及表決。

前項會議，得邀請相關機關代表或人員列席。

本會置執行秘書一人，由召集人遴聘之，協助召集人綜理本會業務；副執行秘書一人或二人，協助執行秘書處理本會事務，均由相關機關人員派兼。

本會置組長、副組長、稽核、研究人員各若干人，辦理本會業務，均由相關機關人員派兼。