活魚運搬船限運搬與該船漁業人簽訂共同合作運搬同意書之養殖漁民自行生產之養殖活魚。

前項活魚運搬船運搬石斑魚至大陸地區，其生產之養殖場，應以經中央主管機關對其生產作業管理事項審核通過，並登錄合格名單者為限。

活魚運搬船之國內裝卸港口，以臺南市安平漁港、臺南市將軍漁港、高雄市旗津漁港、高雄市興達漁港、屏東縣東港鹽埔漁港、屏東縣枋寮漁港、屏東縣小琉球漁港、澎湖縣馬公漁港、澎湖縣七美漁港及澎湖縣竹灣漁港為限。但中央流行疫情指揮中心宣布大陸或香港地區為旅遊疫情建議等級第三級警告地區時，依下列規定辦理：

活魚運搬船運搬養殖活魚至臺灣本島及澎湖以外地區者，以大陸或香港地區為限。

活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸地區者，應依臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法規定，申請航行至大陸地區之許可。

活魚運搬船自大陸或香港地區回航時，不得裝載任何物品，並應直接航行至原出港之漁港進港及接受海岸巡防機關檢查，航行中不得靠岸或停靠海上箱網養殖地點。

有第一項但書規定情形時，活魚運搬船漁業人及漁業從業人應遵守中央主管機關依中央流行疫情指揮中心指揮官指示，實施應變處置或措施。

前項應變處置或措施，由中央主管機關公告之。

漁業人或漁船有下列情形之一者，不得申請漁船作為活魚運搬船：

前項第一款所稱走私案件，不包括運搬養殖魚貨出口者。

申請漁船作為活魚運搬船之漁業人，應填具申請書並檢附下列文件向主管機關申請籌辦許可，經審查通過後，發給籌辦許可文件：

前項漁船須改造船體者，應依本法施行細則第六條規定申請漁船改造。

經核准改造作為活魚運搬船者，其改造後增加之噸數得免補足汰舊噸數，亦不得作為汰舊噸數使用；另丈量後總噸位超過一百時，不受漁船建造許可及漁業證照核發準則第十七條第二項限制。

第一項籌辦許可期間為六個月。

申請漁船作為活魚運搬船應裝設經中央主管機關指定之船位回報器（VMS）。

前項活魚運搬船應備妥至少一套船位回報器備品。

船位回報器識別碼有異動時，漁業人應以書面方式通知財團法人中華民國對外漁業合作發展協會，並副知中央主管機關。

漁業人應於籌辦許可期間內，檢附下列文件向主管機關申請作業許可，經審查通過後，發給作業許可文件：

漁業人依前項第一款規定應於駕駛室外觀標識養殖活魚運搬船字樣之規格如附件。

主管機關發給第一項作業許可文件，應於申請人之特定漁業執照上加註許可從事養殖活魚運搬業務之起迄期間，及該期間內不得從事原特定漁業，並副知海岸巡防機關、中央主管機關及第四條第一項所定國內裝卸港口之主管機關。

第一項作業許可期間，不得逾原領特定漁業執照有效期間。

活魚運搬船漁業人應於每航次出港前，於行政院農業委員會漁業署資訊系統填報並列印裝卸清單，於進出漁港時，由海岸巡防機關檢查。

漁船運搬養殖活魚至國內裝卸港口或海上箱網養殖地點者，前項裝卸清單內容如下：

漁船運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，第一項裝卸清單內容如下：

活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸或香港地區港口者，漁業人應於每月十日前向中央主管機關申報前一月每航次出港之裝卸清單、魚貨交易證明及共同合作運搬同意書。

活魚運搬船每航次裝載養殖活魚前，應向行政院農業委員會漁業署漁業監控中心（以下簡稱監控中心）通報及確認船位回報正常，並經海岸巡防機關向監控中心查詢確認其船位回報器在開啟及正常運作狀態，始得出港。

活魚運搬船出港後，應維持船位回報器於開啟狀態，及至少每小時自動回報船位；返港後如需關閉船位回報器，應向監控中心通報後始得關閉。

船位回報器故障時，應向中央主管機關申報使用備品；其備品亦故障時，經中央主管機關許可，得借用他船之船位回報器備品。

監控中心連續四次未收到船位回報資料時，中央主管機關應命該活魚運搬船限期返港修復，在未返港前，並命該船船長應以衛星電話每二小時向監控中心通報船位；進港後未完成修復船位回報器前，不得出港。

活魚運搬船漁業人自行終止活魚運搬業務，或作業許可期間屆滿後，不繼續從事活魚運搬業務時，應依本法施行細則第六條規定完成漁船改造後，始得重新申請換發原特定漁業執照。

前項總噸位未滿一百之漁船經改造後超過一百者，應回復至總噸位未滿一百。