經海關核准登記供存儲保稅貨物之倉庫為保稅倉庫，其設立及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。

申請登記為完全存儲自行進口保稅貨物、自行向國內採購保稅貨物、供重整用貨物、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用貨物之保稅倉庫，為自用保稅倉庫，不得存儲非自己所有之貨物。

保稅倉庫不得進儲下列物品：

保稅倉庫存儲自國內採購之貨物適用前項之規定。

設立保稅倉庫，應具備下列條件：

本辦法中華民國一百零一年四月二十五日修正施行前，已核准登記之保稅倉庫，未符合前項第三款規定者，應於修正條文施行之日起六個月內設置完成。

經依第二十二條規定申請核准存儲貨物之露天處所，應與外界有明顯之區隔。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，不在此限。

申請設立保稅倉庫，應備具下列文件向所在地海關登記：

申請設立存儲第三條第二款貨物之保稅倉庫者，以輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者為限。

申請設立存儲第三條第六款危險品之保稅倉庫，應另檢附當地消防機關或有關主管機關出具對設置地點及庫內安全設備之同意文件。

申請設立存儲第三條第七款辦理重整貨物之保稅倉庫，應另檢送所需使用之設備清單。

申請設立存儲第三條第九款展覽物品之保稅倉庫，應另檢送陳列展覽物品辦法或展覽計畫書。

經核准登記之保稅倉庫，由海關發給執照，並每兩年依第七條規定辦理校正一次。

本辦法中華民國九十二年六月二十七日修正施行前已核准登記之保稅倉庫辦理校正時，海關得依原核准登記時之規定辦理，並應就第五條第一項第二款有關防盜、防火、防水、通風及照明等安全設備實地勘查。

保稅倉庫登記事項之變更，應於辦妥變更登記之翌日起三十日內檢附有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但倉庫地點或面積變更，應於變更前先報請監管海關核准；實收資本額變更，應於主管機關核准變更登記前向監管海關報備。

經核准設立之保稅倉庫，應向海關繳納保證金新臺幣三十萬元。但政府機關或公營事業設立者，不在此限。

保稅倉庫經核准自主管理且設立營業滿三年者，保證金為新臺幣三百萬元，未滿三年者，保證金為新臺幣六百萬元。但在管制區或經海關核准自主管理之貨櫃集散站內之保稅倉庫，保證金為新臺幣三十萬元。

自用保稅倉庫存倉保稅貨物涉及之稅費，加計售與課稅區廠商按月彙報先行出倉之貨物涉及之稅費，其金額超過前項規定之保證金額度者，保稅倉庫業者應主動提供足額保證金。

前項自用保稅倉庫專供儲存免稅商店或離島免稅購物商店銷售之貨物者，其保證金準用第二項規定。

市區免稅商店或免稅商店設有預售中心者，其自用保稅倉庫保證金為新臺幣二千萬元。但其預售中心未存儲保稅貨物者，準用第二項規定。

前五項保證金之提供依關稅法第十一條規定辦理。

保稅倉庫符合貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法規定，且實收資本額在新臺幣五千萬元以上者，得向海關申請核准實施自主管理。

自用保稅倉庫之設立，應具備自主管理條件始得申請核准登記。

保稅倉庫專供存儲修造飛機用器材者，其申請自主管理，得不受第一項實收資本額規定之限制。

保稅倉庫之監管海關得派遣關員定期或不定期前往保稅倉庫稽核保稅貨物。

貨物進出保稅倉庫，應在海關規定之辦公時間內為之。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫或有特殊情形經海關核准者，不在此限。

外貨進儲保稅倉庫，應由收貨人或提貨單持有人填具外貨進儲保稅倉庫申請書，由倉庫業者憑電腦放行通知或進儲准單會同監視關員核對標記及數量無訛後進倉。但專供飛機用之燃料、物料、客艙用品或修護器材，得經海關核准先行卸存保稅倉庫，於進倉之翌日起三日內補辦進儲手續。

存儲保稅倉庫之貨物，海關認有必要時，得查驗之。

自用保稅倉庫自加工出口區、科學工業園區及農業科技園區區內保稅倉庫以外之事業、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心購買保稅貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

自用保稅倉庫自課稅區廠商購買供重整用之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

自用保稅倉庫自保稅工廠、科學工業園區、農業科技園區、加工出口區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商購買貨物，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證點收進倉登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。

前項由課稅區廠商售與自用保稅倉庫之保稅貨物，在未補辦通關手續前不得出倉，如有先行出倉之必要者，應留存貨樣，以供報關時查核。

已繳稅進口之貨物或國產貨物進儲供展覽物品之保稅倉庫參展時，應檢具清單，附加標記，列明廠牌、貨名、規格數量，報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後進倉。參展完畢退運出倉時，應持憑原清單報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後出倉。

未繳稅貨物參展完畢申請轉入同一關區之保稅倉庫儲存時，應依第四十七條規定辦理轉儲手續。

保稅倉庫存儲之貨物應將標記朝外，按種類分區堆置，並於牆上標明區號，以資識別。但保稅倉庫存儲之展覽品，報經海關核准者，不在此限。

經海關核可之電腦控管自動化保稅倉庫得不受前項之限制，其貨物應以每一棧板為單位分開堆置，並於貨架上標明區號以資識別。但同一棧板上不得放置不同提單之貨物。

保稅倉庫經核准辦理重整業務者，應將重整前後之貨物，以不同倉間分別存儲。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫，得在同一倉間分區堆置。

貨物之包件過重或體積過大或有其他特殊情形者，得經海關核准，存儲保稅倉庫之露天處所，其安全與管理，仍由倉庫業者負責。

前項露天處所須鄰接已登記之倉庫。但鄰接之土地如因政府徵收而被分割者，不在此限。

自用保稅倉庫將保稅貨物售予保稅工廠、科學工業園區、農業科技園區、加工出口區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。

自用保稅倉庫申請按月彙報者，應依下列規定辦理：

外貨或國產保稅貨物進倉，保稅倉庫應簽收貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）（以下簡稱運送單），並將已簽章之運送單簽收聯回傳起運地點。

保稅倉庫存儲之保稅貨物憑電腦放行通知、出倉准單或交易憑證申請出倉時，應開立運送單。

保稅貨物出倉出口或運往保稅區，保稅倉庫接獲回傳之運送單簽收聯時，應辦理核銷備查。

前項情形，保稅倉庫未接獲回傳之運送單簽收聯時，應聯繫追蹤確認貨物運抵目的地時間，並註記於存查聯。

保稅貨物進倉資料已登錄於貨櫃（物）動態資料庫或經海關派員押運者，得免依前項規定辦理。

運送單及交易憑證，應保留其存查聯，以備海關查核。

保稅倉庫存儲之外貨出倉進口後，發現品質、規格與原訂合約不符，由原保稅貨物所有人或倉單持有人負責賠償或調換者，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，其免徵關稅準用關稅法第五十一條規定辦理。

存儲保稅倉庫之外貨供應加工出口區或科學工業園區、農業科技園區、保稅工廠，退貨再存儲者，其二年期限之起算日期應自該批貨物原進儲時起算。

經營國際貿易之運輸工具專用燃料、物料之保稅倉庫，為供應其所屬公司之輪船或飛機行駛國際航線使用燃料、物料，由輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者填具報單，送由海關核發准單後，派員押運或監視加封裝上船舶或航空器。但專供飛機用之燃料、物料或修護器材，得經海關核准先行出倉裝機，於出倉之翌日起三日內補辦出倉手續。

經海關核准專供航行國際航線飛機用品之保稅倉庫，其存倉物品為應其所屬航行國際航線飛機之頻繁提用，得先行申辦退運出口手續，在未裝機退運出口前應依海關規定置於放行貨物倉間，仍受海關監管，得酌情不加聯鎖。但應憑理機關員簽證實際使用數量，按月列報海關。

專供航行國際航線飛機用品之保稅倉庫，其存倉之修造飛機用物料，得向海關申請核准辦理外修，並由業者填具切結書，期間以六個月為限。但因事實需要，期限屆滿前得向海關申請延長，展延期限不得超過六個月，並以一次為限。

第一項供國際航線修造飛機之物料售與（含視為銷售）因維修需求之國內航空業者，該物料所屬之保稅倉庫如係經海關核准自主管理之保稅倉庫，得准按月彙報，先憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續。

由保稅倉庫提領貨櫃修護材料出倉以供修護貨櫃之用時，除應填具報單外，並應填具貨櫃修護明細表一式三份，向海關報明下列事項，經核明發給准單，於繳納稅款保證金或由授信機構擔保應繳稅款後，暫提出倉。

暫提出倉之修護材料於貨櫃修護完工報經海關查核無訛者，視同退運出口，退還所繳保證金或沖銷原擔保稅款額度。其修護之工作期間以一個月為限，如有特殊原因得申請延長一個月，逾期未能完工者，以保證金抵繳稅款或向授信機構追繳其進口稅捐（費）。

存儲貨櫃修護材料之保稅倉庫與貨櫃修護廠設立在港區內之同一地點者，得請領一定期間使用量之修護材料於繳納保證金後暫提出倉，存入修護廠內自行保管使用，但應按日填報貨櫃修護材料使用動態明細表一式三份，列明每日耗用量及結存量等，經海關關員核對無訛予以簽證後，於原核定使用量之範圍內再辦理報關提領補充，免予另行繳納保證金。如使用之貨櫃修護材料減少，可將減少之材料詳列清單，載明材料名稱、數量，申請核退溢繳之保證金。

依前項規定暫提出倉存入修護廠內自行保管使用之修護材料，其修護工作期間不受第二項規定之限制，但必要時海關得隨時派員抽查。

修理貨櫃所拆下之舊料應退運出口，其不退運出口者，應補繳進口稅捐或報請海關監視銷燬。

保稅貨物得依下列方式辦理重整：

前項貨物之重整應受下列限制：

貨物所有人或倉單持有人於保稅倉庫內重整貨物前，應向海關報明貨物之名稱、數量、進倉日期、報單號碼、重整範圍及工作人員名單，經海關發給准單後，由海關派員駐庫監視辦理重整。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設於加工出口區之保稅倉庫，得免派員監視。重整貨物人員進出保稅倉庫，海關認有必要時，得依海關緝私條例第十一條規定辦理。

自用保稅倉庫得經監管海關核准，將保稅貨物運出保稅倉庫辦理檢驗、測試。辦理時應逐筆詳細登載貨物之名稱、單位、規格、數量及進出倉時間。必要時，海關得隨時派員查核。

供免稅商店銷售用之貨物，得依前項規定辦理維修。

第一項貨物應於三個月內運回，必要時得於期限屆滿前申請延長一次。但合計不得超過六個月。

保稅倉庫存儲加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、農業科技園區園區事業、保稅工廠、物流中心或其他保稅倉庫加工、製造或重整之國產保稅貨物時，應由貨物持有人或買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

保稅倉庫存儲之重整貨物，其貨物所有人或倉單持有人為重整貨物，需向國內課稅區廠商、保稅工廠、物流中心、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業或農業科技園區園區事業採購原材料、半成品或成品時，應由買賣雙方聯名填具報單向海關申報進倉。

保稅工廠售予保稅倉庫供修護貨櫃或貨盤用材料，得依前項規定辦理。

依前三項規定進儲保稅倉庫之材料，因故退出保稅倉庫者，應報請海關核發准單，經驗明無訛後放行。

保稅貨物於重整後申請出倉進口、退運出口或轉運加工出口區、科學工業園區或農業科技園區，應在報單上報明貨物重整後之名稱、規格及數量等，並應申報海關核准之重整案號及檢附核准重整之文件，以供海關審核。

其有使用國產貨物者，並應報明所使用國內課稅區廠商、保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業或農業科技園區園區事業採購原材料、半成品或成品之名稱、數量、規格、製造廠商名稱及原報單號碼等退稅資料。

保稅貨物於重整後，申請出倉退運出口者，海關應按重整前（即進倉時）之貨物狀況准予銷帳。

前項貨物如有使用國產貨物者，應依退運出口時，貨品輸出有關規定辦理，修理貨櫃或貨盤如有使用國產貨物者亦同。

保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅。

專供存儲免稅商店銷售貨物之自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於貨物通關放行後，由出口人向海關申請核發出口報單副本，憑以辦理沖退稅。

前項自用保稅倉庫自課稅區進儲國產貨物之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，出口人已領有出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅者，應補徵已沖退稅款，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲逾三個月之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨物進儲時形態課稅。

保稅貨物於重整過程所產生之損耗，經海關核明屬實者，准予核銷。

保稅貨物於重整過程中所發生之廢料，有利用價值部分，應依法徵免稅捐進口；無利用價值者，由海關監督銷燬。

保稅倉庫存儲之保稅貨物，其存倉期限以二年為限，不得延長。但如係供應國內重要工業之原料、民生必需之物資、國內重要工程建設之物資或其他具有特殊理由經海關核准者，不在此限。

保稅貨物，如不在前項規定之存倉期間內申報進口或退運出口，自存倉期限屆滿之翌日起，依關稅法第七十三條第一項規定加徵滯報費，滯報費徵滿二十日，仍不申報進口或出口者，準用同條第二項規定處理。

保稅貨物存倉未滿二年，如經所有人或倉單持有人以書面聲明放棄，依關稅法第九十六條規定處理。

保稅倉庫存儲之保稅貨物，有下列情形之一者，得轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心，由原進儲人或買賣雙方聯名填具保稅貨物轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心申請書向海關申請辦理：

前項第四款至第七款情形，如係轉儲同一通商口岸之其他保稅倉庫者，應事先申請海關核准。

保稅貨物於保稅倉庫間轉儲，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。

自保稅倉庫轉儲物流中心或自由貿易港區之保稅貨物再轉儲至保稅倉庫者，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。

保稅倉庫業者應依海關規定，設置存貨簿冊經海關驗印後使用，對於貨物存入、提出、自行檢查或抽取貨樣，均應分別詳實記載於該簿冊內。海關得隨時派員前往倉庫檢查貨物及簿冊，必要時，得予盤點，倉庫業者及其僱用之倉庫管理人員應予配合。

前項倉庫業者因登帳所需之進倉或出倉貨物之報單號碼、報單別、項次、貨名、數量、單位等資料，存倉或出倉申請人應據實提供。

保稅倉庫經核准辦理重整業務者，依第一項規定設置簿冊，應按國外進口貨物、國產保稅貨物、其他非保稅貨物及重整後成品貨物，分別設置存貨帳冊。

保稅倉庫存儲展覽物品依第一項規定設置之簿冊，應詳列各項參加展覽物品之參展廠商、貨名、規格、數量等資料，並註明展示陳列位置，以備查核，但展覽期限短暫，參展貨物繁多者，得向海關申請，以核發之進口報單副本按序裝訂成冊代替。

保稅貨物進出保稅倉庫，應於進、出倉之翌日起二日內登列有關帳冊。

保稅倉庫之帳冊、表報、進出倉單據，得經監管海關同意，以電腦處理。但應按月印製替代存貨簿冊之表報，於次月二十日以前報請海關驗印備查。

保稅倉庫以電腦連線方式處理其帳務及貨物控管，可供海關遠端查核者，其帳冊、表報、進出倉單據得免報請海關驗印。

前二項之表報及帳冊得經監管海關核准，以電子媒體儲存。

保稅倉庫存儲之貨物應由倉庫業者負保管責任，如有損失，除依第四十九條規定辦理者外，倉庫業者應負責賠繳應納進口稅捐（費）。

存倉貨物之是否保險，對業經完稅而存倉未提貨物之處置，及貨物所有人或倉單持有人與保稅倉庫業者間之其他有關事項，概與海關無涉。

自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第十八條及第二十五條規定辦理者，海關得依關稅法第八十八條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲貨物或按月彙報。

自用保稅倉庫喪失自主管理條件者，海關得依關稅法第八十八條規定，廢止其登記。

經核准登記之保稅倉庫，應由海關及倉庫業者共同聯鎖。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設立於加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、國際機場與港口管制區內者，得免聯鎖。

海關對免聯鎖之保稅倉庫於必要時得恢復聯鎖或派員駐庫監管。

貨物進出保稅倉庫，需由海關派員往返監視起卸貨物時，如因時間急迫，得由倉庫業者、有關輪船公司或航空公司提供交通工具；如需派員常駐監視，倉庫業者應供給該員辦公處所。

前項須由海關派員監視者，倉庫業者應依海關徵收規費規則有關規定繳納監視費。

本辦法自發布日施行。但中華民國九十五年六月二十八日修正發布之第八條及第九條規定，自九十五年六月二十八日施行。

本辦法中華民國一百零四年七月二十四日修正發布之條文，自一百零五年三月十二日施行。但第四條、第二十四條第五款及第四十八條自發布日施行。