經補辦臨時登記之工廠非屬低污染事業，且非屬本部及所在地直轄市、縣（市）公告不宜設立之工廠者，至遲應於中華民國一百十一年三月十九日前，在原臨時登記事項範圍內，向直轄市、縣（市）主管機關申請特定工廠登記。
依前項申請時，申請人應檢附下列文件：
一、臨時登記工廠申請特定工廠登記申請書。
二、最近一年內經查復非位於本部公告不宜設立工廠地區之下列文件：
（一）內政部營建署環境敏感地區單一窗口查詢平台查詢之環境敏感地區應免查範圍查詢文件；如有應查範圍，則附應查範圍之查復文件或逕向各區位劃設主管機關申請之查復文件。
（二）本部網站所列農產業群聚地區之查詢結果。
三、屬土污法第九條公告事業者，檢具土壤污染評估調查及檢測資料。但其產業類別、運作或營業用地範圍未有變更者，得檢附證明文件，申請免採樣檢測。
第一項申請之補正程序，準用前條第三項及第四項之規定。
第一項申請案，直轄市、縣（市）主管機關得會同直轄市、縣（市）環境保護、農業及相關機關於三個月內實地勘查。如需改善者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面通知申請人於三個月內改善完成，並副知本部協助提供污染防治技術輔導。申請人未於改善期間內完成改善者，申請人得於期間屆滿前申請展延；展延次數以一次為限，且不得超過三個月。屆期未改善者，應以書面駁回申請。
申請人改善完成，應檢附相關文件或說明提送直轄市、縣（市）主管機關。直轄市、縣（市）主管機關應召集行政院環境保護署、本部、直轄市、縣（市）環境保護、農業等機關，必要時得邀集農田水利會，組成專案審查小組，在原臨時登記事項範圍內，依下列審查基準，實地勘查認定：
一、污染防治設備功能足夠並測試合格。
二、水污染防治設施應裝設自動監測與環保機關連線，其設置申請、審核及數據處理作業等規範應依水污染防治措施及檢測申報管理辦法自動監測（視）設施管理相關規定辦理：
（一）於用水（自來水或地下水）來源端或用水貯存區進入製程前及環保主管機關核定之放流口前設置水量自動監測設備。
（二）於污染防治設備用電機房處設置電子式電度錶（不同用電來源分別設置）。
（三）於環保主管機關核定之放流口應設置水溫、氫離子濃度指數、導電度、化學需氧量及懸浮固體自動連續監測設備，並設置攝錄影監視設備。
不符合前項審查基準者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期改善；如審查期間逾中華民國一百十一年三月十九日者，其通知補正期間不得超過六十日。屆期未改善或仍不符前項審查基準，應以書面駁回其申請。
申請人通過專案審查小組認定後，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人繳交特定工廠登記費用及依第十七條規定繳交營運管理金，辦理特定工廠登記，並得視申請案實際情形附加下列負擔：
一、定期更新污染防治設備。
二、設置環保專責單位或人員妥善管理及操作污染防治（制）設備。
三、提高污染物排放自主監測頻率。
四、訂定環境污染事件緊急應變及處置計畫。
五、其他限制或要求。
第二項至第六項審查期間以六個月為限；必要時，得延長六個月，並以一次為限。但申請人依第三項、第四項及第六項補正及改善期間，不計入審查期間。