運輸業以其運輸工具裝載客貨經營國際運送業務者，於經交通主管機關核准後，應向海關辦理登記。

運輸業應設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理業務。但情形特殊經海關核准者不在此限。其作業規定，由海關訂定並公告。

運輸業或其負責人曾違反相關關務法規，情節重大，受處分未逾三年者，應不予核准登記。已登記者，應予撤銷，並自撤銷之日起失其效力。

前項所稱違反相關關務法規，情節重大，受處分未逾三年者，指於申請登記日起溯算三年期間有私運紀錄；或因虛報貨物進、出口等違規情事，致所漏關稅稅額、溢沖退稅額或定額罰鍰單計或合計逾新臺幣五十萬元，或沒入貨物價值單計或合計逾新臺幣一百萬元者。但違章情事經查係因相關業者作業疏失所致者，免予採計。

運輸業經核准登記之翌日起十日內應向海關繳納保證金新臺幣五萬元，以完成登記。

保證金數額調整時，運輸業應於海關通知之翌日起一個月內領回或補繳其差額。

保證金除以現金繳納外，得以下列方式提供：

前項第一款至第四款及第六款之擔保，應依法設定抵押權或質權於海關。

運輸業完成登記後，由海關發給登記證，並應每兩年向海關辦理校正一次。

登記證遺失時，應即申請補發。

運輸業遇有海關調查走私案件時，應切實配合協助。

運輸業受海關囑託轉送海關處分書等關係文書與該業所屬運輸工具服務人員時，應負責將文書依限送交指定人。

運輸工具進出口裝卸貨物時，運輸業應有充足人員在現場照料辦理。

前項人員均應受海關關員之合法指導。

運輸業關於通關業務上之文件或電子資料應妥為保存或預留副本，並按運輸工具名稱、航次、日期及文件性質，分別儲存，其保管期間為五年。

前項文件、電子資料及運輸業依法應設置之會計帳冊、單據及關係資料，海關得隨時查核或調閱，運輸業者不得拒絕。

運輸業對於其所屬運輸工具應繳之稅款、規費、罰款或依本辦法規定由其負責繳納之款項，如延不繳納時，海關得將其保證金抵繳，不敷抵繳部分，仍應負責於限期內清繳。

前項保證金經抵繳後，運輸業應於海關通知補足差額之翌日起一個月內補繳保證金。

運輸工具所載貨物未列入貨物艙單，或貨物艙單內所填列之事項與實際情形不符者，如有正當理由，得於下列時限內向海關申請更正。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：

前項情形業經海關發覺或接獲走私密告者，其更正之申請不得免予議處。

運輸工具載運進口之貨物遇有短卸、溢卸之情事者，應由運輸工具負責人或運輸工具所屬運輸業者繕具短卸或溢卸報告向海關提出。但該項貨物屬海運併櫃貨物，且由海運承攬業者向海關申報艙單者，依海關管理承攬業辦法規定辦理。

前項短溢卸報告，應於下列期限內提出。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：

卸存海關監管場所之短卸或溢卸報告應先送海關倉庫管理單位查核進倉資料，經核無訛予以簽證後，送海關艙單單位核備。須註銷或更正者，應於原申報短卸或溢卸報告送達海關翌日起三日內為之。

溢卸貨物須退運或轉運出口者，應由提出溢卸報告之運輸工具負責人或運輸工具所屬運輸業者依關稅法第六十二條規定之期限向海關申請核准，並於限期內以轉運申請書向海關申報退運國外或轉運出口，其處理手續與一般轉運貨物同。

運輸業對於列入所屬運輸工具進口貨物艙單之貨櫃（物），應依海關核發之卸貨准單及特別准單、轉運准單等記載事項，以海關核准之方式載運，並應自船上卸下碼頭之翌日起七日內或自機上卸下機坪後二十四小時內，負責將貨物安全送交海關指定地點；對於承運之出（轉）口貨櫃（物），應依出口貨物放行通知（轉運准單）記載事項，以海關核准之方式載運，負責將貨物安全送交承載之運輸工具負責人或其代理人點收並裝運出口。海關如有指定路線或時限者，運輸業者應予遵照。

前項運送不得遲延或變更貨物之性質或包裝，亦不得破壞封條。運送途中因事故、不可抗力而延誤或中斷運送或改變路線或改變運輸工具時，運輸業者應採取預防措施避免貨物外流，並應將其事由立即向最近之海關報備。

第一項貨櫃（物）之運送控管所需文件及作業規定由海關訂定並公告。

第一項貨櫃（物）海關認為有必要時，得予查驗，並得派員押運或准由運輸業者提供應繳稅費相當之擔保，經加封後免予押運。

第一項貨櫃（物），運輸業者申請加封電子封條替代押運者，應配合辦理電子封條配櫃、加封及讀取核對等相關作業。

運輸工具載運轉口貨櫃（物），應於進儲貨櫃集散站（或碼頭專區）或貨棧之翌日起六十日內轉運出口。如無船期、班機或有其他原因者，得向海關申請延長三十日。但該項貨物由承攬業申報貨物艙單或辦理轉運、轉口業務者，依海關管理承攬業辦法辦理。

前項轉口貨物未於期限內轉運出口，應限期退運，逾期未退運出口者，海關得準用關稅法第六十二條及第九十六條第二項規定辦理。

海運轉口貨櫃（物）經由海運轉運出口者，除經海關派員押運或核准加封電子封條外，不得以內陸運輸方式運送至內陸貨櫃集散站、貨棧或其他港口辦理轉運出口。

前項貨櫃（物）得經內陸轉運出口之規定，由財政部關務署（以下簡稱關務署）分期分區公告實施之。

武器、彈藥、毒品等轉口貨櫃（物），限由原進口之港口或機場轉運出口。

進口船舶之船長或船舶所屬運輸業者，應於船舶進口二十四小時前向海關提出船舶進港預報單，如因故提早、遲延或中止進口者，應立即向海關報明提早、延期或註銷。

前項預報單之內容包括受理關別、船舶名稱、船舶航次、船舶呼號、船舶代碼、到港前一港、航行次一港及預定到港時間等所需資料。

第一項預報資料經由交通部航港局提供予海關者，船長或船舶所屬運輸業者得免傳輸船舶進港預報單訊息或檢具書面船舶進港預報單。

進口船舶之船長或船舶所屬運輸業者，應依下列規定向海關申報：

前項規定之適用態樣、執行階段或寬限期等相關作業事項，由關務署公告之。

船長或船舶所屬運輸業者以電腦連線方式申報進口貨物艙單、貨櫃艙位配置圖者，得免送書面文件。但海關於必要時，得要求提供書面文件，船長或船舶所屬運輸業者應即配合辦理。

進口船舶之船長或船舶所屬運輸業者已依第一項第一款規定時限向交通部航港局傳輸貨櫃艙位配置圖者，得免再向海關連線傳輸該艙位配置圖。

進口船舶抵達後，船長或船舶所屬運輸業者應於二十四小時內檢具下列文件向海關申報：

前項第一款至第六款文件，已提供電子資料或經海關登船查驗並收取者，得免檢附。

入境及過境旅客名單應載明下列事項：

入境隨船服務人員名單應載明下列事項：

出口船舶之船長或船舶所屬運輸業者，應於船舶結關前向海關完成出口裝船清表訊息之傳輸。

前項規定之適用態樣、執行階段或寬限期等相關作業事項，由關務署公告之。

第一項出口裝船清表訊息應填報下列事項：

依第一項規定連線傳輸出口裝船清表訊息者，如海關事後有個案稽核需求，經書面通知應行遞送書面出口貨物艙單者，應於海關書面通知送達之翌日起十日內遞送書面出口貨物艙單或提單影本。

第一項出口裝船清表訊息，得以出口貨物艙單替代；其適用期間，由關務署公告之。

出口裝船清表訊息經比對銷艙不符者，連線申報者應於收到海關列印銷艙不符清表或銷艙不符訊息後二十四小時內向海關申請更正。但有特殊情形經海關核准者，不在此限。

前項情形業經海關發覺或接獲走私密告者，其更正之申請不得免予議處。

船舶結關，船長或船舶所屬運輸業者應檢具下列文件向海關申請，經核發結關證明書後，船舶始得出港：

結關申請書及結關證明書之格式由海關訂定並公告。

以連線方式申請結關者，免向海關遞送第一項書面文件。

前項連線申請結關，由關務署公告實施之。

出境及過境旅客名單應載明下列事項：

出境隨船服務人員名單應載明下列事項：

船用物品、船員不起岸物品，除留供停港期間應用上所必要者外，由船長負責集中封存於貯藏室，俟離境後開啟。但開往另一我國口岸者，不得中途開啟，其航程所需用之物品，得於開航前向海關申請按實際需用數量預留應用。

前項經船長封存之物品，海關於必要時得查驗並加封。

前二項經封存之物品，如因特殊事故，於離境前須啟封取用者，應由船長報明事由，申請海關核准。

第一項船用物品及船員不起岸物品，於停港期間所必需應用者，以海關公告之品目及數量為限。

自衛槍械及船員私人不起岸物品合於規定者，由船長負責集中封存於貯藏室，於船舶離境後方得啟用。

前項經船長封存之物品，海關於必要時得查驗並加封。

出口船舶應於結關後四十八小時內開航。逾上述時限未開航者，應向海關重行申請結關。但於時限內向海關申報延期開航者，不在此限。

前項船舶未開航前因故須裝卸貨物者，應檢附結關證明書向海關申請註銷結關。但須卸貨者另應辦理更正進口艙單及卸貨准單手續後，始得為之。

飛機之機長或飛機所屬運輸業者，應依下列規定向海關申報進口貨物艙單：

前項第二款規定航程小於或等於四小時之國外機場地點名稱，由關務署公告之。

第一項規定之適用態樣、執行階段或寬限期等相關作業事項，由關務署公告之。

機長或飛機所屬運輸業者以電腦連線方式申報貨物艙單者，得免送書面文件。但海關於必要時，得要求提供書面文件，機長或飛機所屬運輸業者應即配合辦理。

進口貨物艙單所列貨物，含有併裝貨物者，除得由空運承攬業者申報外，應在艙單上註明併裝貨物，並須申報分艙單，其申報內容同進口貨物艙單。

飛機抵達本國機場後，機長或飛機所屬運輸業者應檢具下列經其簽章之文件向海關申報：

飛機抵達本國機場後，機長或飛機所屬運輸業者應檢具下列經其簽章之文件，以備隨時交海關查驗：

連線申報入境及過境旅客名單者，應於飛機起飛前，將資料傳輸海關；其實施日期，由關務署另行公告之。

入境及過境旅客名單應載明下列事項：

入境隨機服務人員名單應載明下列事項：

飛機起飛出境前，機長或飛機所屬運輸業者應向海關申報下列文件：

前項第一款出口貨物艙單申報時限之適用態樣、執行階段或寬限期等相關作業事項，由關務署公告之。

出口貨物艙單所列貨物，含有併裝貨物者，除得由空運承攬業者申報外，應在艙單上註明併裝貨物，並須申報分艙單，其申報內容同出口貨物艙單。

機長或飛機所屬運輸業者以電腦連線方式申報貨物艙單者，免向海關遞送書面文件。但海關事後有個案稽核需求時，經書面通知應行遞送書面文件者，應於海關書面通知送達之翌日起十日內遞送書面文件。

飛機起飛出境前，機長或飛機所屬運輸業者應檢具經其簽章之郵件清單，以備隨時交海關查驗。

出境及過境旅客名單應載明下列事項：

出境隨機服務人員名單應載明下列事項：

已報關放行之出口貨物如因艙位不足或原訂班機臨時取消或其他原因致須改裝同一家航空公司下一航次班機或轉裝另一家航空公司之飛機載運出口時，如其主託運單號碼變更者，應由相關之航空公司於貨物輸出人提出之申請書簽章確認，經由貨物輸出人檢具該申請書及原託運單，於規定期限內向海關申請核准，並在關員監視下改裝班機出口，事後由海關予以更正出口報單及有關文件。

已報關放行之出口貨物，未於放行之翌日起三十日內裝機出口者，不得辦理裝運。

飛機所載貨物應按規定向海關申報進出口，飛機所屬運輸業者並憑進出口貨物艙單卸裝貨物，海關關員得視需要抽核，監視卸裝，其轉載其他飛機貨物或轉口貨物者亦同。

進口貨物卸存機場管制區以外地區之貨棧，應由飛機所屬運輸業者檢具其與貨棧經營人共同簽章具結之空運貨物特別准單申請書，申請核發空運貨物特別准單。

快遞專差攜帶之快遞貨物應卸存於快遞貨物專區，並在該專區辦理通關。