本規則依加工出口區設置管理條例（以下簡稱本條例）第五條第三項規定訂之。

本規則規定事項，由加工出口區管理處（以下簡稱管理處），各加工出口區分處（以下簡稱分處），及依本條例第九條規定設立之單位執行之。

區內事業設立、合併、分割、增資、減資及變更投資計畫申請案，除經管理處或分處逕行核定者外，分處應於一週內擬具初審意見送管理處，管理處於一個月內審查核定，並就核定內容及應行洽辦事項通知申請人。

經核准設立、合併、分割、增資之區內事業，應按計畫於核定之日起二年內完成；如因實際困難未能按計畫開始或完成者，得於期限屆滿前向所在區管理處或分處申請展期。

區內事業經核准以分支機構型態設於加工出口區內者，會計科目、帳簿、憑證及報告表應行獨立，銷售額應向所在地稽徵機關申報。

區內事業如擬遷往課稅區、轉投資課稅區或在課稅區設置分支機構，應依本條例及公司法或商業登記法之有關規定辦理。

一、土地預約金：按預訂土地面積六個月之租金標準計算。

二、建築物預約金：預購者按預訂建築物面積售價百分之五計算，預租者按建築物面積六個月之租金計算。

核配建築物優先順序如下：

一、依本條例第十二條第四項得優先核配者。

二、區內事業因事業需要擴充，經提出擴充計畫業經核准，並已依前條之規定繳存預約金者。

三、新投資核准通知書內載明，俟有建築物出讓時優先核配，並已依前條之規定繳存預約金者。

四、區內事業使用之建築物，因無法適應業務需要，須另購適當之建築物，並已向管理處或分處辦理登記且依前條之規定繳存預約金者。

在區內營業之事業租用土地自行興建建築物者，應於租約訂立後六個月內向所在區管理處或分處依建築法規定申請建築許可，領有建造執照後，動工興建，並依建築法相關規定辦理。

在區內營業之事業未依前條規定動工興建建築物並如限完工或未於核定之投資期限完成者，所在區管理處或分處得終止土地租約，並由管理處廢止其投資案，已繳租金不予退還，土地由所在區管理處或分處收回另行處理；如該地上已有工事或變更地貌之情形時，在區內營業之事業應於限期內恢復原狀；如未於限期內恢復原狀者，所在區管理處或分處得代為之，其費用由該在區內營業之事業負擔。但其工事或變更地貌無礙於他人使用者，經所在區管理處或分處之核准，得免負恢復原狀之責。

在區內營業之事業使用之建築物出讓時，應先向所在區管理處或分處申請登記，讓受雙方議訂價格後，報管理處或分處備查。

加工出口區內之各種建築，應採用不燃材料構造，並以永久性建築為原則。

加工出口區內之建築線，由所在區管理處或分處指定之。

在區內營業之事業因工程上之必要，或堆置材料，需使用或破壞區內公共設施者，應先行申請所在區管理處或分處核准，並依限恢復原狀。

區內事業必須在區內值勤之員工，應將姓名、職務及其他有關資料，列表送所在區警察隊隨時抽查核對之。

區內事業輸出貨品需申請原產地證明書或加工證明書者，應依原產地證明書及加工證明書管理辦法規定辦理。

區內事業輸出入貨品，應依貨品輸出管理辦法及貨品輸入管理辦法之規定辦理；其屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，應填送輸出入許可證申請書及依其他相關規定應附繳之書件向所在區管理處或分處辦理。

區內事業依前二條規定申請輸出入簽審文件採以電腦連線或電子資料傳輸，經電腦記錄有案者，視為已依規定辦理。

出入加工出口區之汽車或其他車輛應將出入證懸掛於車前顯著處；出區時，海關及警衛人員得作必要之檢查。

人員出入證分下列三種：

一、員工出入證：限管理處、分處、區內各目的事業、區內事業、區內人民團體及在區內設有營業或聯絡處所廠商等員工使用。

二、短期出入證：限短期出入加工出口區人員使用。

三、臨時出入證：限當天出入加工出口區人員使用。

車輛出入證如係臨時出入者，得採發車輛臨時出入證。

領用人遺失管理處或分處所發車輛出入證時，應由其服務單位證明確係遺失始得申請補發。

入出區貨櫃車、板車及其他載貨車輛（以下簡稱貨運車輛）、裝卸機具或載運之貨品入出區時，應接受駐哨人員為必要之檢查。

（刪除）

為維護區內道路順暢及交通安全，貨運車輛或裝卸機具，不得佔用道路從事裝卸貨物。

區內事業應自行約束其員工不得擅自攜帶保稅貨品出區，並在員工出廠前自行予以必要之檢查。