全國性公民投票之主管機關為中央選舉委員會（以下簡稱本會），依本法及中央法規辦理相關事項，並指揮監督直轄市、縣（市）選舉委員會辦理之。

地方性公民投票之主管機關為直轄市政府、縣（市）政府，依本法及自治法規辦理相關事項；直轄市、縣（市）選舉委員會依本法及自治法規權限範圍內辦理相關事項，並受本會之指揮監督。

直轄市、縣（市）選舉委員會於辦理公民投票期間，得於鄉（鎮、市、區）設選務作業中心。

本會除辦理公民投票提案、聽證、經費募集之許可及管理事項外，與直轄市、縣（市）選舉委員會分別辦理下列事項：

直轄市、縣（市）選舉委員會就下列公民投票事務，指揮、監督鄉（鎮、市、區）公所辦理：

本法第八條第二項所定居住期間之計算所依據之戶籍登記，應由戶政機關切實查察，其遷入登記不實者，應依法處理。

前項居住期間之計算，遇有於投票日前二十日戶籍登記資料載明遷出登記，而於投票日前二十日以後，始依戶籍法規定撤銷遷出者，其居住期間不繼續計算。

本法第九條第一項所定全國性公民投票案之提出，提案人之領銜人應備具提案函及檢具相關表件資料向本會為之。

本會收到前項提案函及表件資料，應予點清；表件不合本法第九條第一項規定、未依本法第九條第三項分直轄市、縣（市）、鄉（鎮、市、區）裝訂成冊或不足本法第十條第一項規定人數者，即請送件人或請其轉知提案人之領銜人補齊後，始予收件。

本法第十條第六項所定提案人名冊及第十三條第三項所定連署人名冊經戶政機關查對後，其人數不足規定，本會通知提案人之領銜人補提時，應將刪除之提案人或連署人及其個別事由列冊通知提案人之領銜人；補提之名冊經刪除後，仍不足規定人數者，亦同。

戶政機關查對提案人名冊時，提案人有本法第十二條第四項所定情事，應予刪除。