本基金之收支、保管及運用，應設國土永續發展基金管理會（以下簡稱本會），置委員十一人至十五人，其中一人為召集人，由本部部長兼任之；一人為副召集人，由本部部長指定本部次長兼任之；其餘委員，由本部遴聘有關機關代表、學者及專家擔任。

前項學者及專家，應具備國土計畫、國土保育或相關專業。

本會委員之任期為二年，期滿得續聘之；機關代表委員應隨其本職進退。

本會每六個月開會一次，必要時得召開臨時會議，由召集人召集之；召集人因故不能出席時，由副召集人代理之，召集人及副召集人因故不能出席，由委員互推一人代理之。

本會委員對具有利害關係之會議事項，應自行迴避。

本會置執行秘書一人，工作人員若干人，均由本部有關業務人員派兼之。

本會委員及派兼人員均為無給職。

本會之會議應有全體委員過半數之出席始得開會；應有出席委員過半數之同意始得決議；正反意見同數時，由主席裁決之。

前項會議，委員應親自出席，不得代理。但由機關代表兼任之委員，因故不能出席時，得指派代表出席，並參與會議發言及表決。