直轄市、縣（市）主管機關依本條例第五條第二項規定興辦再生水開發案，或自提再生水開發案之再生水經中央主管機關同意納入區域水源，應檢附再生水開發案計畫書，向中央主管機關申請補助其興建取水構造物、水處理設施、供水設施及營運管理設施之建設費用（以下簡稱建設費用）。

前項再生水開發案如與公共下水道系統合併興辦或納入既有公共下水道系統辦理者，應向中央下水道主管機關申請補助建設費用。

前二項申請補助建設費用之再生水開發案計畫書內容，應依行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點或受理申請補助機關規定格式擬訂。

依前條第一項規定辦理者，應依重大水利建設計畫財務規劃審查作業要點之補助比率及程序，審議後核定之；依前條第二項規定辦理者，應依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法之污水下水道工程補助比率及程序，審議後核定之。

為扶植發展再生水資源及考量地區水資源情勢，中央主管機關及中央下水道主管機關得視個案必要性，報行政院申請專案補助。