本辦法依動物傳染病防治條例第三十九條第二項及植物防疫檢疫法第二十一條規定訂定之。

本辦法所稱檢疫規費，包括檢疫費、作業費及工本費：

一、檢疫費：指動植物疫病蟲害檢查相關費用。

二、作業費：

（一）臨場費。

（二）動物繫留費，包括場地費及檢測費。

（三）動物屍體焚燬費。

（四）延長作業費。

（五）檢疫處理費：燻蒸、消毒、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬等費用。

（六）申報資料鍵輸費。

三、工本費：

（一）檢疫標識工本費。

（二）各種檢疫證明書分割、補發、換發、繕發副本等工本費。

檢疫費按輸出檢疫物品離岸價格或輸入檢疫物品完稅價格之千分之一計收。但輸入檢疫物品為小麥、大麥、玉米、黃豆者，按其完稅價格之千分之○．五計收。

輸出動植物特定疫病或有害生物之採樣檢查，其費用依下列規定按每批每種動物疫病或植物有害生物收取。但動物特定疫病檢查有急迫需求者，加倍計收之：

一、酵素結合免疫吸附法，計收一千元。

二、聚合酶連鎖反應試驗，計收一千六百元。

三、反轉錄聚合酶連鎖反應試驗，計收二千一百元。

四、即時反轉錄聚合酶連鎖反應試驗，計收三千一百元。

五、病毒分離試驗，計收三千六百元。

檢疫物品之輸出人、輸入人（以下簡稱申請人）或其代理人應於申請檢疫時，繳驗結匯證件或其他銷貨證件，以憑計收檢疫費。未能於申請檢疫時繳驗者，得於發證前補行繳驗。但經有關機關授權產銷團體統一計價者，得免繳驗。

免辦輸入、輸出許可證之檢疫物品，其檢疫費依下列規定計收：

一、輸入檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗經報關人簽章之外貨進口報單或國外出口商商業發票等結匯證件計收。

二、輸出檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗信用狀或經報關人簽章之國貨出口報單計收。但在廠場當地申請檢疫者，依繳驗國內銷貨發票、商業發票或其他價格證明計收。

檢疫物品有下列情形之一者，免收檢疫費：

一、軍用物資持有軍事機關證明文件。

二、進口軍、公糧食持有糧政機關證明文件。

三、旅客及服務於車、船、航空器人員攜帶或經郵遞動植物或其產品，在輸出入動植物檢疫機關規定限額內。

四、輸出生鮮、冷藏或冷凍畜禽肉類已繳納屠宰衛生檢查費。

輸出檢疫物品以外幣為貨款者，按財政部關務署訂定每旬報關適用外幣匯率表換算為新臺幣，核計檢疫費。

一、每人每次新臺幣五百元。如無法於當日往返，其費用依國內出差旅費報支要點規定之各項費用基準計收。

二、每批檢疫物品計收檢疫人員一人次之臨場費。

三、同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，計收檢疫人員一人次之臨場費。

輸出入之動物在隔離檢疫期間死亡，其屍體經焚燬處理者，依附表二動物屍體焚燬費收費基準計收動物屍體焚燬費。

申請人或其代理人申請延長檢疫作業者，依下列規定辦理：

一、延長作業以在辦公時間內申請為原則。

二、延長作業時間區分如下：

（一）平常日延長作業時間為上午六時至上班前，中午休息時間及下班後至下午十時前。

（二）假日延長作業時間為上午六時至下午十時。

（三）特別延長作業時間為每日下午十時後至翌日上午六時前。

三、延長作業費依下列規定計收：

（一）平常日延長作業費每批二百元。

（二）假日延長作業費每批一千元。

（三）特別延長作業費每批二千元。

（四）執行檢疫業務跨越前款不同作業時間者，僅收較高延長作業費之費用。

四、經核准註銷延長作業者，其所繳之延長作業費應發還，或於其次批檢疫物品申請檢疫時予以抵繳，並在申請書內註明。

五、第三款規定按批計收之延長作業費，同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，其應繳延長作業費，按一批計收。

六、旅客及服務於車、船、航空器人員隨身攜帶動植物或其產品檢疫，不另計收延長作業費。

一、燻蒸、消毒，依附表三計收檢疫處理費。

二、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬：依實際支出計收檢疫處理費。

一、一般檢疫標識：每件一張，每張新臺幣一元。

二、貨櫃專用檢疫標識：貨櫃每櫃一張，每張新臺幣八十元。

各種檢疫證明書之分割、補發、換發、繕發副本，每份新證明書計收工本費新臺幣五十元。

本辦法所定規費之收取依預算程序辦理。

本辦法修正施行前已排妥動物隔離場所者，其繫留費依修正前之收費基準計收費用。