臺灣與離島間、離島間之航空運送或臺灣各港口間之鐵公路運送，因天災或其他不可抗力因素，造成中斷，無法立即恢復，且無船舶運送業經營固定航線者，航政機關得視當地需求，報請主管機關指定船舶運送業經營特定航線。

船舶運送業經營特定航線所生營運損失之補償條件、範圍、方式及監督考核等事項，由航政機關辦理之。

第一項船舶運送業之指定，主管機關得委任航政機關辦理。

航政機關辦理船舶運送業經營特定航線，應公告補償內容、作業時程、補償金額之核給、監督考核方式及所需書表文件等相關事項。

船舶運送業應依前項規定，於公告期限內提出申請表（附件一）、成本分析表（附件二）及補償金額概算表（附件三），送交航政機關審查。經依第一項公告，而有下列情形之一者，航政機關得逕予指定船舶運送業經營特定航線：

前項受指定之船舶運送業經營特定航線，應於指定函送達日起十日內提出第二項之書表文件，作為執行疏運任務之補償金額核算基礎，逾期未提出，航政機關得逕予核算補償金額。

受指定之船舶運送業經營特定航線客貨運送，所受之營運損失補償範圍如下：

前項第四款之合理利潤損失應依航政機關要求提交會計師製作之補償評估報告（附件四）及相關佐證資料如下：

航政機關得派員監督考核營運計畫之執行情形，船舶運送業未依營運計畫執行者，得扣減撥發補償款。

船舶運送業依第三條第二項規定，於公告期限內提出申請者，航政機關得依實際疏運情形酌發補償金額百分之一至五作為獎勵金；其配合本辦法之辦理情形，得列為年度績優船舶運送業表揚審核之參考依據。