行政院農業委員會為推動屏東農業生物技術園區之規劃、開發及營運等相關業務，特設屏東農業生物技術園區籌備處（以下簡稱本處）。

本處設三組，分別掌理下列事項：

一、第一組：園區發展政策規劃、研究發展與管制考核、招商業務之企劃與執行、國內外農業生物科技產業訊息之蒐集與分析、保稅貿易管理與資訊系統之規劃、管理、協助廠商取得農業生物技術智慧財產權及公共關係。

二、第二組：園區工商行政、勞工行政與勞動檢查業務、儲運中心與保稅倉庫之設立輔導、預防走私與警備安全防護、消防安全、相關服務業進駐園區之協調及督導。

三、第三組：園區土地、廠房與公共設施之規劃、開發、租賃維護與管理、交通系統管理、景觀之規劃與管理及環境保護相關業務。

本處設秘書室，掌理庶務、文書、出納、保管及其他不屬各組、室事項。

本處置主任一人，承行政院農業委員會主任委員之命，綜理處務，並指揮監督所屬人員；副主任一人，襄理處務。

本處置主任秘書、組長、室主任、秘書、技正、專員、組員、技士、技佐、辦事員、書記。

本處置人事管理員，依法辦理人事管理事項。

本處設會計室，置會計主任一人，依法辦理歲計、會計及統計事項。

本處得商請警政主管機關在園區設警察單位，依法執行安全警衛勤務，並就本處主管業務，受本處指揮、監督。

本處於屏東農業生物技術園區管理機關成立時裁撤。