行政院海岸巡防署及所屬機關（以下簡稱巡防機關）與行政院農業委員會及所屬機關暨受其業務督導之農漁政機關（以下簡稱農業機關），於巡防機關管轄區域內，執行有關農、林、漁、牧業法令（以下簡稱農業法令）所規範之事項時，應依下列規定辦理：
一、巡防機關於海域、海岸、河口與非通商口岸依法執行職務時，查獲違法案件經依法處理後，如另涉及違反農業法令時，得再併相關事證移送農業機關辦理。
二、前款查獲案件倘涉及農業專責領域者，巡防機關認為必要時，得協調農業機關協助辦理。
三、農業機關依法令須委託巡防機關執行之事項，除依行政程序法第十五條第二項及第三項規定辦理外，並應訂定相關作業流程，以利執行。
巡防機關或農業機關於巡防機關管轄區域內，發現應由他方調查、辦理之案件時，應為必要之處置，並即通知他方機關。