本辦法依促進產業升級條例 (以下簡稱本條例) 第八條第三項規定訂定之
。

適用本辦法獎勵之投資計畫，其生產之產品範圍為：
一 應用無菌播種、組織或細胞培養、體細胞融合、基因工程等生物技術
，培育、繁殖生產之植物種苗。
二 應用遺傳工程技術，選育、繁殖生產之種畜禽或畜禽種源。
三 應用遺傳工程技術，選育、繁殖生產之水產種原或種苗。
四 應用無特定病原技術，繁殖生產之動物。
五 其他經行政院指定之產品。
前項投資計畫，應符合下列要件之一：
一 投資計畫之實收資本額或增加實收資本額為五千萬元以上，其中屬全
新機器、設備及裝置該機器設備之新建主體建物購置金額合計新臺幣
三千萬元以上。
二 公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，研究與發
展支出達新臺幣一千五百萬元。
投資計畫應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起三年內完成。
第一項第五款所列其他經行政院指定之產品，由行政院農業委員會 (以下
簡稱農委會) 報請行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構
代表定之。
第二項第一款所稱裝置該機器設備之新建主體建物，指生物技術研究室、
作業室、培養室、溫室、畜禽舍、無特定病源動物舍、水產種原或種苗生
產房舍。

前條第二項第一款規定實收資本額或增加實收資本額，得於核定之投資計
畫期間內分次增資、分次收足。機器、設備及裝置該機器設備之新建主體
建物，得於核定之投資計畫期間內分次購置。
前條第二項第二款所稱研究與發展支出，指稅捐稽徵機關依公司研究與發
展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定核定之研究與發展支出，及於前
條所定三年期間內捐贈行政院國家科學技術發展基金之金額。
前項研究與發展支出，於稅捐稽徵機關尚未核定時，以申報數為準。
前條第二項第二款所稱三年期間，其投資計畫完成年度之前一年度未滿一
年者，自投資計畫完成年度起算三年。但申請核發核准函年度與投資計畫
完成年度為同一年度者，自投資計畫完成年度之次年度起算三年。

公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於公司設立核
准函或證明書核發之次日起六個月內；增資擴充者應於增資核准函或證明
書核發之次日起六個月內，檢具下列文件，向農委會申請核發符合新興重
要策略性產業核准函：
一 公司設立核准函或證明書影本；其屬增資擴充者，為增資核准函或證
明書影本。
二 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第一款者，檢附種苗業登記證影
本。
三 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第二款者，檢附畜禽新品種登記
審定書及畜牧場設立許可文件或畜牧場登記證書影本；飼養規模未達
應辦畜牧場登記者免附。
四 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第四款者，檢附畜牧場設立許可
文件或畜牧場登記證書影本；飼養動物種類非屬畜牧法明定之畜禽或
畜禽飼養規模未達應辦畜牧場登記者免附。
五 投資計畫書七份。
前項所稱增資核准函或證明書，於分次增資時，以第一次增資核准函或證
明書為準。
第一項第五款所稱投資計畫書，屬適用第二條第二項第二款規定者，需載
明公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內之研究與發展
經費。
農委會於核發第一項核准函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐
稽徵機關。
第一項第五款投資計畫書格式，由農委會定之。

經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於核定之期限內完成投
資計畫，並於完成後檢具下列文件，向農委會申請核發完成證明：
一 符合新興重要策略性產業核准函影本。
二 購置之全新機器、設備及裝置該機器設備之新建主體建物清單六份；
無購置行為者免附。
三 購置之全新機器、設備及裝置該機器設備之新建主體建物配置圖；無
購置行為者免附。
四 營利事業登記證影本；其屬增資擴充者，為資本額變更登記前、後之
營利事業登記證影本。
五 新建主體建物使用執照影本；無購置行為者免附。
六 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第一款者，檢附種苗業登記證影
本。
七 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第二款者，檢附畜牧場登記證書
影本；飼養規模未達應辦畜牧場登記者免附。
八 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第三款者，檢附登記為繁殖之養
殖漁業登記證影本。
九 投資計畫生產之產品屬第二條第一項第四款者，檢附畜牧場登記證書
影本；飼養動物種類非屬畜牧法明定之畜禽或畜禽飼養規模未達應辦
畜牧場登記者免附。
十 購置機器、設備及裝置該機器設備之新建主體建物之統一發票影本、
海關進口相關證明文件影本或會計師查核證明文件；無購置行為者免
附。
十一 募集現金資本之相關證明文件；全數以未分配盈餘轉增資者免附。
十二 議決該投資計畫第一次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新
投資創立者，為發起人會議紀錄影本；無購置行為者免附。
前項完成證明之格式，由農委會定之。
公司申請核發完成證明時，應於完成證明申請書中自行勾選適用第二條第
二項第一款或第二款之規定，經擇定後不得變更。
農委會於核發第一項之完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之
稅捐稽徵機關。

經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於農委會核發符合新
興重要策略性產業核准函之次日起三年內完成投資計畫，或投資計畫產品
變更者，應於期限屆滿前，向農委會申請展延或變更。但全程計畫完成期
限，不得超過四年。
農委會於核定計畫展延或產品變更時，應副知財政部賦稅署及公司所在地
之稅捐稽徵機關。

經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，於申請完成證明期間內，
經受理核發完成證明機關實地勘查，投資計畫已屬完成，於完成證明尚未
核發前，遭受地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力災
害者，受理核發完成證明機關仍得依據原完成狀態，核發其完成證明。

公司擇定適用第二條第二項第二款規定並經取得完成證明，經管轄稅捐稽
徵機關查核，未達該款所定研究與發展支出金額二分之一，其選擇適用五
年免稅者，應追繳所免徵之營利事業所得稅額；其適用股東投資抵減者，
應追繳該公司各股東實際適用投資抵減之稅額。
公司擇定適用第二條第二項第二款規定並經取得完成證明，經管轄稅捐稽
徵機關查核，未達該款所定研究與發展支出金額，但已達二分之一，其選
擇適用五年免稅者，應按不足之比率，追繳公司所免徵之營利事業所得稅
額；其適用股東投資抵減者，應就各股東實際適用投資抵減之稅額，與按
實際研究發展支出之比率計算之可抵減稅額之差額追繳之。
公司擇定適用第二條第二項第二款規定，並經取得完成證明，於取得完成
證明後，依本條例第十條第二項規定，將其受免稅獎勵能獨立運作之全套
生產或應用軟體，轉讓其他事業，繼續生產原受獎勵產品，其轉讓係在第
二條規定之三年期間內者，該轉讓事業於該三年期間內之研究發展支出，
依第十一條第二項規定換算；未達該款所定研究與發展支出金額者，應分
別依前二項規定，追繳所免徵之營利事業所得稅額或股東投資抵減稅額。
前三項補繳之稅額，應自各該年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳
納日止，依郵政儲金匯業局一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一
併徵收。

第二條第一項之適用要件有刪除或修正時，公司仍得自刪除或修正生效之
日起六個月內，向農委會申請適用本辦法。

公司依第二條第二項第一款規定取得完成證明，且依本條例第十條第二項
規定，將其部分受免稅獎勵能獨立運作之全套生產設備或應用軟體，轉讓
其他事業，繼續生產該受獎勵產品者，受讓事業所受讓之生產設備或應用
軟體，依轉讓事業取得該設備之原始成本計算；未達該款所定投資金額者
，不得繼續享受轉讓事業未屆滿之免稅獎勵。
前項轉讓事業於轉讓後剩餘之生產設備或應用軟體，依原始取得成本計算
；未達第二條第二項第一款規定之投資金額者，應終止其未屆滿之免稅獎
勵。

公司依第二條第二項第二款規定取得完成證明，且依本條例第十條第二項
規定，將其部分受免稅獎勵能獨立運作之全套生產設備或應用軟體轉讓其
他事業，繼續生產該受獎勵產品者，其轉讓係在第二條第二項第二款規定
之三年期間內者，受讓事業於受讓後至該期間屆滿止，其研究與發展支出
，按受讓設備或應用軟體之金額比率及持有期間之比率換算；未達該款所
定研究與發展支出金額者，不得繼續享受轉讓事業未屆滿之免稅獎勵。
前項轉讓事業於第二條第二項第二款規定之三年期間內，其屬轉讓前之研
究發展支出，加計轉讓後之研究發展支出按未轉讓設備或應用軟體金額比
率核算之金額；未達該款所定研究與發展支出金額者，應終止其未屆滿之
免稅獎勵。

選擇適用本條例第八條股東投資抵減規定之公司，其依核准之投資計畫所
募集資金，以支應該投資計畫所需者為限。

選擇適用本條例第九條免徵營利事業所得稅規定之公司，其免稅所得之計
算方法，由財政部定之。
擇定適用第二條第二項第二款，並經取得完成證明之公司，選擇適用五年
免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨
額百分之二；未達百分之二者，其免稅所得應按前項規定計算之金額，乘
以實際研究與發展支出比率除以百分之二計算之。
前項之研究與發展支出，應以稅捐稽徵機關依公司研究與發展及人才培訓
支出適用投資抵減辦法規定核定之金額為準。
依第八條第一項規定，應追繳免徵之營利事業所得稅款之公司，不適用第
二項規定。

本辦法自中華民國九十一年一月一日施行。