行政院衛生署檢疫總所 (以下簡稱本所) 掌理左列事項：
一、進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客及物品之檢疫事項。
二、港口、航空站、船舶、航空器等之衛生管理事項。
三、滅蟲、滅鼠及蒸燻消毒之督導、管理事項。
四、預防接種與國際預防接種證書之簽發及管理事項。
五、船舶、航空器工作人員及旅客醫療救護之規劃督導事項。
六、防止傳染病傳入、傳出事項。
七、有關檢疫之檢驗事項。
八、國內疫情之監視、調查、報告、協調及處理事項。
九、國際疫情之蒐集、交換、調查及報告事項。
十、突發不明原因疫病之應變及處理事項。
十一、支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
十二、其他有關檢疫事項。
本所設秘書室，掌理文書、印信、出納、事務及不屬其他各組、室事項。
本所置所長一人，職務列簡任第十一職等至第十三職等，綜理所務，並指
揮監督所屬人員及機關；副所長一人，職務列簡任第十職等至第十二職等
，襄理所務。
本所置主任秘書一人，組長三人，職務均列薦任第九職等或簡任第十職等
至第十一職等；技正十六人至二十八人，職務均列薦任第八職等至第九職
等，其中八人，職務得列簡任第十職等；室主任一人，科長九人至十三人
，職務均列薦任第九職等；秘書二人，職務列薦任第八職等至第九職等；
專員六人至八人，職務列薦任第七職等至第八職等；科員十四人至十八人
，技士九十二人至一百零六人，職務均列委任第四職等至第五職等，其中
科員三人，技士二十七人，職得列薦任第六職等至第七職等；技佐四十人
至五十四人，護士十一人至十七人，職務均列委任第三職等至第五職等；
並得僱用雇員十四人至二十人。
本所設人事室，置主任一人，副主任一人，職務均列薦任第八職等至第九
職等，依法辦理人事管理及人事查核事項，所需工作人員，就本條例所定
員額內派充之。
本所設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第八至第九職等；依法辦理
歲計、會計事項，並兼辦統計事項，所需工作人員，就本條例所定員額內
派充之。
本所得應業務需要，於全國重要港口及航空站，設檢疫分所，執行港埠檢
疫工作。
前項分所，置分所長一人，職務列薦任第八職等至第九職等，並得由本所
技正兼任，所需工作人員，應就本條例所定員額內派充之。
本所因業務需要，得在各衝要地區設疫病監視中心，執行疫情監視、蒐集
、調查、報告及協調處理等事項。
前項中心置主任一人，職位列薦任第八職等至第九職等，並得由本所技正
兼任，所需工作人員，應就本條例所定員額內派充之。
第五條至第十條所定列有官等職等人員，其職務所適用之職系，依公務人
員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。