本部或受託評鑑機構，應依下列程序辦理本評鑑工作：
一、擬訂評鑑實施計畫，經評鑑會審議通過及本部核定後，由本部依第二條第二項規定公告之。
二、前款評鑑實施計畫，應包括評鑑項目、細項與指標、程序、結果、申復、評鑑委員資格、講習、倫理、迴避及其他相關事項。
三、辦理評鑑說明會，針對評鑑實施計畫，向受評鑑之直轄市、縣（市）主管機關詳細說明。
四、籌組評鑑小組，接受評鑑會之督導，執行評鑑事務，並辦理評鑑小組委員評鑑行前說明會。
五、於當次所有直轄市、縣（市）主管機關受評鑑結束後三個月內，完成評鑑報告初稿，送各受評鑑直轄市、縣（市）主管機關。
六、對評鑑報告初稿不服之受評鑑直轄市、縣（市）主管機關，於初稿送達後十四日內，得向本部或受託評鑑機構提出申復；申復有理由者，本部或受託評鑑機構應修正評鑑報告初稿；申復無理由者，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
七、評鑑結果經評鑑會確認後，本部應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送達受評鑑之直轄市、縣（市）主管機關。