前條第一款資本投資支出成本之計算，得以設施總成本按財政部依所得稅法所定之固定資產耐用年數折舊或設施設計使用年限攤提。
前條第二款一次性支出成本之計算，以相關支出總成本計算。
違反本法義務人已改善、補正其應支出者，前二項消極利益之計算，僅計算其因遲延支出所獲利息之所得利益。
前條第三款經常性支出成本，與廢（污）水量或污泥量有關者，得以違法水量或污泥短少量計算，如有一個以上計算結果，以平均值認定之：
一、依違法水量計算：
違法水量（立方公尺）× 單位廢水處理成本（元／立方公尺）＋其他年支出費用（元）
（一）單位廢水處理成本係指處理每單位廢水所應支出之電力、燃料、藥品及材料使用、污泥清除處理、污水下水道使用等之費用成本。
（二）其他年支出費用係指每年應支出之設備更新或改善、人事、檢測申報、水質（量）自動監測（視）及連線傳輸設施操作維護等之費用成本。
二、依污泥短少量計算：
污泥短少量（公斤）× 單位污泥之廢水處理成本（元／公斤）＋其他年支出費用（元）
（一）污泥短少量＝理論污泥產生量（公斤）－實際污泥產生量（公斤）
（二）理論污泥產生量＝廢（污）水量（立方公尺）× 處理每單位廢水所產生初始污泥、生物污泥及化學污泥之理論乾污泥量（公斤／立方公尺）÷ （1－ 污泥含水率）
（三）單位污泥之廢水處理成本係指產生每單位污泥所應支出之電力、燃料、藥品及材料使用、污泥清除處理、污水下水道使用等之費用成本。
前條第三款經常性支出成本，與廢（污）水量或污泥量無關者，依其違法行為相關事證，推估所需支出之人事費、電費、差旅費、監（檢）測、記錄、申報、藥品及材料使用費等符合本法義務所應支出之費用。