運搬船從事海上轉載，經營者應於海上轉載十五日前，擬具運搬計畫書，並檢具相關資料，向主管機關申請許可；其資料內容如附件十九。申請日之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出。

非我國籍運搬船當年度首次與捕撈漁船從事港內轉載前，應檢具相關資料（如附件十九），向主管機關申請許可。

經主管機關許可之運搬計畫內捕撈漁船名單有增加時，應於異動三個工作日前向主管機關申請，經許可後，始得與異動之捕撈漁船從事轉載作業；未依期限申請者，不予許可。

捕撈漁船及運搬船從事漁獲物轉載前，應分別向主管機關申請許可。

經營者或船長為前項之申請時，應填具漁船轉載漁獲申報表，依下列所定期限，向主管機關提出；鮪延繩釣漁船之申報表格式如附件二十、附件二十一，鰹鮪圍網漁船之申報表格式如附件二十二：

申請日之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出。但鰹鮪圍網漁船使用線上申辦系統申辦者，得於預定轉載日前一日提出。

經主管機關許可轉載之漁船及運搬船，得於下列期間從事漁獲物轉載：

有下列情形之一者，經營者或船長得於轉載期間屆滿前申請變更轉載日期，並經主管機關同意變更後始得為之；未於轉載期間屆滿前申請變更者，不予同意：

捕撈漁船之漁獲物進入國內外港口卸魚，應由下列人員依期限填具卸魚預報表（格式如附件二十六），向主管機關申請許可；申請期限之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出：

漁獲物以冰鮮方式保存之鮪延繩釣漁船於其漁業合作國港口卸魚，或漁船當航次作業海域均在東經一百二十八度以西、北緯十七度以北，且於國內港口卸魚者，經營者或船長最遲應於預定卸魚日前一日向主管機關申請許可；申請期限之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出，不受前項規定之限制。

經主管機關許可卸魚之漁船，得於許可卸魚之日起算七日內，從事卸魚。但屬第六十條第三項之漁船，於許可卸魚港口或漁船於日本清水港口進行卸魚者，得於許可卸魚之日起算十一日內，進行港口卸魚。

未能於前項所定期間進行卸魚者，經營者或船長得於許可卸魚期間屆滿前申請變更卸魚日期，並經主管機關同意變更後始得為之；未於許可卸魚期間屆滿前申請變更者，不予同意。

鰹鮪圍網漁船依規定申報轉載漁獲確認書者，視為已依第一項申請卸魚許可。

鮪延繩釣漁船，經許可從事捕撈太平洋黑鮪作業，其捕獲太平洋黑鮪並已依太平洋黑鮪漁撈作業管理辦法第二十五條規定通報漁業通訊電臺，返回國內港口卸魚者，視為已依第一項申請卸魚許可。

鮪延繩釣漁船經核准以出租方式對外漁業合作且漁獲物以冰鮮方式保存者，在漁業合作國管轄海域作業，得依該國所許可之作業方式，於該國港口卸魚。