公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第七十七條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依所得稅法第三十九條規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起十年內從當年度純益額中扣除。

公司與外國公司合併者，合併後存續或新設之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司，得依前項規定扣除各參與合併之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司合併前尚未扣除之虧損額。

公司分割時，既存或新設公司，得依第一項規定，將各參與分割公司分割前尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。既存公司於計算可扣除之虧損時，應再按各參與分割公司之股東分割後持有既存公司之股權之比例計算之。

因合併而消滅之公司、被分割公司，其個人股東取得合併後存續或新設、分割後既存或新設之公司或外國公司股份，依所得稅法規定計算之股利所得，得選擇全數延緩至取得次年度之第三年起，分三年平均課徵所得稅，一經擇定不得變更。

前項消滅公司、被分割公司應符合以下條件：

第一項消滅公司、被分割公司應於主管機關核准變更登記日起四十五日內，依規定格式填具股東擇定延緩繳稅情形，並檢附相關文件資料，送請公司所在地稅捐稽徵機關備查，始適用第一項規定，逾期不予受理。

第二項第一款所稱決議合併、分割日，指對於公司合併或分割，股東會首次決議通過之日。但公司進行第十九條之簡易合併或第三十七條之簡易分割時，為董事會首次決議通過之日。

第一項股利所得延緩繳稅於所得稅申報之程序、應提示文件資料、第三項規定格式、文件資料及其他相關事項之辦法，由財政部定之。

公司進行合併、分割或依第二十七條至第三十條規定收購，而持有其子公司股份或出資額達已發行股份總數或資本總額百分之九十者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，選擇以該公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘申報；其他有關稅務事項，應由該公司及其子公司分別辦理。

依前項規定選擇合併申報營利事業所得稅者，其合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報；其選擇合併申報，無須事先申請核准，一經選擇，除因正當理由，於會計年度終了前二個月內，報經財政部核准者外，不得變更。

依前項規定經核准變更採分別申報者，自變更之年度起連續五年，不得再選擇合併申報；其子公司因股權變動不符第一項規定而個別辦理申報者，自該子公司個別申報之年度起連續五年，不得再依前項規定納入合併申報。

依第一項規定合併申報營利事業所得稅者，其合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算、合併申報未分配盈餘及應加徵稅額之計算、營業虧損之扣除、投資抵減獎勵之適用、國外稅額之扣抵、暫繳申報及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。