營利事業原始認股或應募生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達三年，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之二十，自有應納營利事業所得稅之年度起，按原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。

前項營利事業如為創業投資事業，其依規定原可抵減之金額，應由其營利事業股東依持有該創業投資事業股權比例計算可享投資抵減金額，自創業投資事業成為該生技醫藥公司記名股東第四年度起，按創業投資事業原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減該創業投資事業之營利事業股東各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該創業投資事業之營利事業股東當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。

前二項生技醫藥公司於中華民國一百十年十二月三十一日以前新投資創立或增資擴充，於一百十年十二月三十一日以前已依規定向本部申請核發生技新藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額不受前二項後段百分之五十限額限制；於一百十一年一月一日以後向本部申請核發生技醫藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減應依前二項規定辦理。

開始抵減年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。

營利事業股東依本辦法申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。

第一項及第二項營利事業股東與被投資之生技醫藥公司相互間，如有藉投資資金或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務之情形，稅捐稽徵機關為正確計算該營利事業之課稅所得額及應納稅額，得依查得資料，按實際交易事實依法予以調整。

生技醫藥公司投資計畫之試驗項目應符合藥事法、農藥管理法、動物用藥品管理法、醫療器材管理法或其他相關法規規定；其設備安裝地點位於都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；位於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。

生技醫藥公司依第六條規定申請核發完成證明經核發完成證明機關否准，或依第七條第三項規定取具本部核復函，或未依第六條第一項規定期限申請核發完成證明，或未依第七條第三項規定通知本部者，應分別自否准函、核復函送達、第六條第一項規定六個月申請期限屆滿或第七條第三項規定六個月通知期限屆滿之次日起，於六個月內向所在地稅捐稽徵機關申請註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。

生技醫藥公司取得完成證明，屬新投資創立者，於設立登記之日起七年內；其屬增資擴充者，於增資變更登記之日起七年內，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用投資抵減，應由生技醫藥公司自公司減資變更登記之次日起六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。

生技醫藥公司有前二項規定之情事，且其營利事業股東已依本條例第七條列報抵減稅額者，其營利事業股東應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。

生技醫藥公司營利事業股東未依前項規定補繳及加計利息者，應由稅捐稽徵機關追繳其已抵減之稅額並依前項規定加計利息。

生技醫藥公司之營利事業股東取得營利事業股東投資抵減稅額證明書並依第四條規定適用投資抵減，有下列情形之一者，應由稅捐稽徵機關追繳該股東已依本條例第七條規定抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：