本局局長綜理局務，副局長襄助局長處理局務，秘書綜理文稿及協助局長處理水利行政業務，並設下列各課、室：

一、企劃課。

二、水質課。

三、保育課。

四、管理課。

五、建管課。

六、秘書室。

七、人事室。

八、會計室。

九、政風室。

企劃課職掌如下：

一、集水區保育之資源調查、規劃及計畫擬訂。

二、集水區保育之相關研究發展事項之推動。

三、中長程計畫及特定案件之管制考核。

四、水資源相關會議幕僚作業事項。

五、災害緊急應變綜合業務事項。

六、資訊作業計畫之規劃及推動事項。

七、資訊系統之建置、安全管理、技術支援與設備之管理及維護事項。

八、地理資訊系統之運用規劃及維護管理事項。

九、年度計畫研擬、績效檢討及年度成果彙編事項。

十、各項水資源資料彙整、統計分析及成果報告之編撰。

十一、有關教育宣導事項。

十二、其他臨時交辦事項。

保育課職掌如下：

一、集水區治理年度計畫之擬訂及執行。

二、治理工程用地取得相關事項。

三、計畫辦理工程測量、設計、發包、施工、監造、驗收及其他相關事宜。

四、申請施設水土保持案件之會辦。

五、工程施工技術之研究及改進事宜。

六、工程災害之緊急應變處理事項。

七、配合林業主管機關造林計畫之擬訂及執行。

八、其他臨時交辦事項。

管理課職掌如下：

一、工礦與土石採取管理及違反土石採取法、水利法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。

二、觀光遊憩管理及違反發展觀光條例、風景特定區管理規則並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。

三、林地管理及違反森林法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。

四、集水區土地使用管制及違反水利法、森林法、水土保持法、都市計畫法、山坡地保育利用條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。

五、水源保育與回饋費管理及運用事項之配合。

六、溫泉管理之會辦。

七、用地取得相關事項。

八、闢建道路申請案之審查及核轉事項。

九、其他臨時交辦事項。