本局局長綜理局務，副局長二人襄理局務，其掌管事項如下：
一、有關水資源企劃及研發事項。
二、有關水資源規劃及調配事項。
三、有關水資源開發及保育事項。
四、有關河川及水權相關事項。
五、有關水文及水資源資訊事項。
六、有關文書、總務、議事及公共關係事項。
七、有關人事管理事項。
八、有關歲計、會計及統計事項。
九、有關政風事項。

本局置總工程司一人，其掌管事項如下：
一、統籌督導水資源企劃及研發業務。
二、統籌督導水資源開發及保育業務。
三、統籌督導河川及水權相關業務。
四、統籌督導水利重大建設工程之協調及業務執行。
五、統籌督導水文及水資源資訊業務。
六、關於本局各單位右列業務呈判 (核) 文稿及施政計畫、工作計
畫、工作報告之審核事項。
七、其他技術督導及臨時交辦事項。

第三組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於水庫集水區保育、治理、水庫浚渫事項。
二、關於水庫安全檢查與評估事項。
三、關於水資源統籌調配及協調仲裁事項。
四、關於旱災防救方案研擬，推動與督導事項。
五、關於用水計量之審議事項。
六、關於水資源工程環境影響評估之追蹤考核事項。
七、關於水源水質檢驗分析等事項。
八、關於各標的用水基本資料統計事項。
九、其他臨時交辦事項。