營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則、企業會計準則公報、金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則（IFRS）、國際會計準則、解釋及解釋公告（以下合稱國際財務報導準則）等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、產業創新條例、中小企業發展條例、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、適用所得稅協定查核準則、營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法、營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法、營利事業認列受控外國企業所得適用辦法、房地合一課徵所得稅申報作業要點、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。

營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。

營利事業之帳簿文據，其關係所得額之一部未能提示，經稽徵機關依所得稅法施行細則第八十一條之規定，就該部分按同業利潤標準核定其所得額者，其核定之所得額，以不超過當年度全部營業收入淨額依同業利潤標準核定之所得額為限。但營利事業有漏報營業收入情事，經稽徵機關就該漏報部分按同業利潤標準核定其所得額者，不在此限。

營利事業未提示有關各種證明所得額之帳簿文據，經就營業收入淨額按同業利潤標準核定其所得額者，如有非營業收益或損失，應依法合併計課或核實減除。

營利事業如在規定送交調查時間以內申請延期提示帳簿文據者，稽徵機關應予受理。但延長之期限最長不得超過一個月，並以一次為限。

營利事業之帳簿文據如因有關機關因公調閱而未能提示者，稽徵機關得先予書面審核核定。但營利事業應於調閱機關發還所調閱之帳簿文據後一個月內，送請稽徵機關查核。

營利事業當年度使用之帳簿因故滅失者，得報經該管稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。

營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，該滅失憑證所屬期間之所得額，稽徵機關得依該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿三個年度，致無前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度（含未滿一年無全年度核定資料之年度），以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算之。又災害損失部分，如經查明屬實，得依第一百零二條之規定予以核實減除。

稽徵機關依前項規定使用之前三個年度資料中，如有營利事業申報之純益率尚未經稽徵機關核定之情事，得以申報數為準；俟稽徵機關核定時，按核定數調整之。

營利事業之帳簿憑證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外，申報純益率未達前三個年度核定純益率之平均數者，應按前二項規定辦理。

營利事業遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失者，應依第一百零二條第二款規定，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。

營利事業之帳簿憑證滅失者，除合於前五項規定情形者外，稽徵機關應依所得稅法第八十三條及同法施行細則第八十一條規定，就查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。

營利事業依加值型及非加值型營業稅法第三條第三項之規定，視為銷售貨物之銷售額，依下列規定辦理：

前項規定於勞務準用之。

營利事業承包工程之工期在一年以上，有關工程損益之計算，應採完工比例法。但有下列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採成本回收法，在已發生工程成本之可回收範圍內認列收入，計算工程損益：

營利事業首次採用國際財務報導準則或企業會計準則公報以前已進行尚未完工之工程，計算工程損益仍應依原方法處理。

營利事業承包工程採成本回收法計算工程損益，其承包工程之工期有跨年度者，其管理費用應於費用發生之年度列報，不得遞延。

第一項及第二項所稱完工，指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。

第一項所稱完工比例，可採下列方法計算之：

在同一年度承包二個以上工程者，其工程成本應分別計算，如混淆不清，無法查帳核定其所得額時，得依所得稅法施行細則第八十一條之規定辦理。

營利事業委託其他營利事業買賣貨物，應由雙方書立合約，並將買賣客戶姓名、地址、貨物名稱、種類、數量、成交價格、日期及佣金等詳細記帳及保存有關文據，憑以認定之。未依上開規定辦理者，如其帳載內容及其他有力證據足以證明其確有委託關係存在者，仍應憑其合約及有關帳載據核實認定。

營利事業委託或受託代銷貨物，未依前項規定辦理，且無法證明其確有委託關係存在者，應分別認定為自銷或自購，除其未依規定給與，取得或保存憑證，應依稅捐稽徵法第四十四條規定處罰外，並應分別就委託代銷金額及代銷收入金額適用同業利潤標準之淨利率，核計委託事業及受託代銷事業按自銷自購認定之所得額，但該項核定所得額低於帳載委託代銷收益或代銷佣金收入時，仍以帳載數額為準。

代客買賣貨物開立之統一發票或收據，所載買進或賣出之價格，如經查核不實，顯屬幫助他人逃稅有據者，除應依稅捐稽徵法第四十三條規定辦理外，其本身倘涉有逃漏所得額情事者，並應依所得稅法第一百十條規定處罰。

銷售下腳及廢料之收入，應列為收入或成本之減項。其未依規定申報致短漏報所得者，應依所得稅法第一百十條之規定辦理。

下腳及廢料未出售者，應盤存列帳，其未列帳處理者，得依查得之資料調整之。

進貨進料之價格及其運雜費用等，因特殊原因尚未確知者，得先估列相當之進貨成本或製造成本，俟確知後，再行調整或補列損益。

前項暫估進貨進料之成本，於年度結帳時，已確知其高於應付數額而未予沖轉或補列收益者，應依所得稅法第一百十條之規定辦理。

未實現之費用及損失，除屬所得稅法第四十八條所定短期投資之有價證券準用同法第四十四條估價規定產生之跌價損失、本準則第五十條之存貨跌價損失，第七十一條第八款之職工退休金準備、職工退休基金或勞工退休準備金，第九十四條之備抵呆帳，及其他法律另有規定或經財政部專案核准者外，不予認定。

依法得提列之各項損失準備仍應於帳上記載提列金額，並於年度結算申報時列報損失始予認定。

費用及損失，未經取得原始憑證，或經取得而記載事項不符者，不予認定。但因交易相對人應給與而未給與統一發票，致無法取得合法憑證，其已誠實入帳，能提示交易相關文件及支付款項資料，證明為業務所需，經稽徵機關查明屬實者，准依其支出性質核實認定為費用或損失，並依稅捐稽徵法第四十四條規定處罰；其於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露者，免予處罰。交易相對人涉嫌違章部分，則應依法辦理。

前項之費用或損失，如經查明確無支付之事實，而係虛列費用或損失逃稅者，應依所得稅法第一百十條之規定處罰。

營利事業依本準則規定列支之製造費用及營業費用，如係取得小規模營利事業出具之普通收據，其全年累計金額以不超過當年度經稽徵機關核定之製造費用及營業費用之總額千分之三十為限，超過部分，不予認定。

中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司或區域總部之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定：

前項分攤管理費用之計算，應以總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準。其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准，採用其他合理分攤標準。

中華民國境內之外國分公司依前二項規定，分攤國外總公司或區域總部管理費用者，應由該分公司辦理當年度所得稅結算申報時，提供國外總公司或區域總部所在地合格會計師簽證，載有國外總公司或區域總部全部營業收入及總公司或區域總部管理費用金額之國外總公司或區域總部財務報告，或外國稅務當局之證明。但經核准採用其他分攤標準者，其所提供之國外總公司或區域總部財務報告，應另載明分攤標準內容、分攤計算方式及總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之分攤金額等資料。

前項國外總公司或區域總部財務報告未載明其管理費用金額、分攤標準內容、分攤計算方式及相關金額等資料者，應另提供國外總公司或區域總部所在地會計師查核簽證，載有該等資料之查核報告。

中華民國境內之外國分公司，依前四項規定，所分攤之國外總公司或區域總部管理費用，不適用營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則規定。

國外總公司在中華民國境內設立之工地場所，如已依規定辦理稅籍登記，並依所得稅法第四十一條規定單獨設立帳簿並計算其營利事業所得額課稅者，可比照前五項規定辦理。

中華民國境內總公司或區域總部，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，準用第一項至第五項規定。

資產估價與所得稅法規定不符者，應依所得稅法及本準則規定調整相關損益。

固定資產或無形資產因首次採用國際財務報導準則或企業會計準則公報而轉列不同類別之資產者，仍應按原資產之種類，依所得稅法及本準則規定計提折舊或攤折。

營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付者，應於時效消滅年度轉列其他收入，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。請求權可行使之日與帳載債務發生日期不同，或有時效中斷情事，致未逾請求權時效者，應由營利事業提出證明文件據以核實認定；未能提出確實證明文件者，稽徵機關得依帳載債務發生日期及民法規定消滅時效期間認定時效消滅年度，轉列該年度之其他收入。

營利事業帳載應付股利，依所得稅法施行細則第八十二條第二項規定視同給付者，無所得稅法第二十四條第二項轉列其他收入規定之適用。

營利事業依所得稅法第三十九條第一項但書規定自當年度純益額中扣除前十年內稽徵機關核定之各期虧損，應將各該期下列規定之所得額，先抵減各該期核定虧損後，再以虧損之餘額扣除：

營利事業下列規定之所得額，免依前項規定抵減各該期之核定虧損，其為損失，亦不得計入各該期核定虧損：

依所得稅法第一百十條第一項規定應處罰鍰之申報案件，應先就申報部分核定所得額，並依下列公式計算漏稅額：

獨資、合夥組織之營利事業依所得稅法第一百十條第四項規定應處罰鍰之申報案件，應先就申報部分核定所得額，並依下列公式計算之金額按規定倍數處罰：

凡查定之營利事業各該年度所得稅結算申報應納稅額及未分配盈餘應加徵之稅額，稽徵機關應依其查核結果，填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定額及調整理由一併送達納稅義務人。

前項營利事業各該年度所得稅結算申報之查核結果如涉及所得稅法第六十六條之九第二項第十款損益計算項目時，應將其調整項目中可減除之金額一併通知納稅義務人。

本準則中華民國八十二年十二月三十日修正發布之第十五條之二及第九十七條，自八十三年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國八十七年三月三十一日修正發布之第六十七條第三項、第七十四條第三款第一目之1與之3、第七十七條之一及第九十五條第十四款，自八十七年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國九十三年一月二日修正發布之第三十六條之一、第七十六條、第七十八條第一款第十二目與第二款第十二目及第八十五條第二款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。

本準則中華民國九十八年九月十四日修正發布之第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。

本準則中華民國一百零一年一月四日修正發布之第十一條、第六十七條及第七十條施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定；第一百十二條第二項，自九十八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國一百零三年四月九日修正發布之第三十八條、第六十七條、第七十四條及第九十五條第十款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定；第十五條之三、第九十五條第九款及第十六款，自一百零二年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國一百零三年九月三十日修正發布之第一百十二條，自一百零四年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國一百零六年一月三日修正發布之第七十四條第三款第二目、第八十六條、第九十五條第二款及第九十七條施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。

本準則中華民國一百零七年六月二十九日修正發布之第一百十二條，自一百零七年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本準則中華民國一百十二年十二月十一日修正發布之第二條第一項、第三十條第四款、第三十二條第六款、第三十六條之二第一項與第四項、第九十五條第十六款及第十七款、第一百條第三款，自一百十二年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。