繼續任用人員應由政府繳付之公教人員保險、勞工保險、勞工職業災害保險、就業保險及全民健康保險之保險費、公務人員退休撫卹基金費用，由臺鐵公司編列預算支應，並依公教人員保險法、勞工保險條例、勞工職業災害保險及保護法、就業保險法、全民健康保險法、公務人員退休資遣撫卹法及其相關規定辦理撥繳事宜。
繼續任用人員依公務人員相關法令辦理退休、撫卹或資遣者：
一、具有退撫新制實施前任職年資應發給之退休金、撫慰金（遺屬金）、撫卹金、資遣給與、一次退休金及公教人員保險養老給付優惠存款之差額利息，由交通部逐年編列預算支應。
二、具有退撫新制實施後任職年資應發給之退休金、撫慰金（遺屬金）、撫卹金、資遣給與，由公務人員退休撫卹基金支應。
三、其餘因公加發給與、任職未滿十年及未成年子女加發撫卹金、殮葬補助費、勳績撫卹金及補償金由臺鐵公司編列預算支應。
繼續任用人員退休或在職亡故者遺族之照護，由臺鐵公司依照行政院所定退休人員照護事項或考試院所定公務人員遺族照護辦法辦理。
繼續任用人員因公涉訟之輔助，及執行職務意外傷亡慰問金之發給，由臺鐵公司編列預算支應。