綜合規劃組掌理事項如下：
一、毒性化學物質綜合管理法規、政策、方案、計畫之研訂、推動及協調
。
二、毒性化學物質與化學物質國際合作、科技發展之策劃、推動、協調及
執行。
三、毒性化學物質與化學物質綜合研究之策劃、推動、協調及執行。
四、化學物質資訊系統之規劃、建置、資訊整合及運用分析。
五、其他有關綜合規劃事項。

評估管理組掌理事項如下：
一、新化學物質及既有化學物質登錄政策與法規之研擬、執行及監督。
二、毒性化學物質評估、公告列管之研擬、執行及督導。
三、環境用藥管理政策與法規之研擬、執行及督導。
四、其他有關毒性化學物質及化學物質評估事項。

危害控制組掌理事項如下：
一、毒性化學物質災害預防、整備、訓練之規劃、協調、執行及督導。
二、毒性化學物質災害監控、通報、協調、執行及督導。
三、毒性化學物質災害技術蒐集、研究、分析規劃及協調執行。
四、化學物質勾稽或檢查之規劃、協調及執行。
五、其他有關毒性化學物質危害控制事項。