大眾捷運系統工程穿越之空間範圍有設定地上權之必要者，需地機構應通知土地所有人或管理人及他項權利人進行協議設定地上權；如經通知未參與協議、協議不成立或未於協議成立後約定期限內辦理設定地上權者，即視為協議不成立。

被徵收取得地上權之土地設定有他項權利者，土地所有人於領取補償費時，應會同他項權利人或檢附債務清償證明、他項權利塗銷證明文件或他項權利人同意所有人領款之同意書辦理。

依本法辦理之地上權登記，除其他法令另有規定者外，依下列規定辦理：

一、協議設定地上權者，應由需地機構檢具相關文件囑託管轄土地登記機關辦理地上權設定登記或辦理他項權利內容變更或塗銷登記。

二、依本法徵收取得之地上權，直轄市或縣（市）主管機關應於補償完竣後三十日內囑託管轄土地登記機關辦理地上權登記。已登記之他項權利與地上權登記空間範圍重疊者，直轄市或縣（市）主管機關應一併囑託管轄土地登記機關辦理他項權利內容變更或塗銷登記。

三、穿越土地之上空者，於附表一補償率對應之級距自低限為起點以上全部登記地上權；穿越土地之地下者，以附表二補償率對應之級距自淺限為起點以下全部登記地上權。