秘書室掌理事項如下：
一、關於印信典守事項。
二、關於公文之收發、繕校、分辦及管理事項。
三、關於檔案之分類整理、編目、立卷、檔案文卷出納、保管、清理、移
送及管理事項。
四、關於款項收支、票據保管、填開支票及零用金處理事項。
五、關於員工薪津、費用之發放事項。
六、關於工程、勞務及財物採購事項。
七、關於車輛調配使用及管理事項。
八、關於技工、工友管理事項。
九、關於工友之勞工保險、全民健康保險及福利事項。
十、關於財產、物品登記及管理事項。
十一、關於公有土地、房舍登記及管理事項。
十二、關於會議場所管理事項。
十三、關於辦公廳舍及公有財物安全防護事項。
十四、關於辦公廳舍保養及環境衛生事項。
十五、其他不屬各組 (廠) 室事項。

製藥工廠掌理事項如下：
一、營運：
(一) 關於藥品之請辦、收發、銷售、登記、保管、輸入、輸出及售價調
整擬議事項。
(二) 關於原料、器材及包裝用具等資材之請購、收發、登記及保管事項
。
(三) 關於倉庫之安全防護事項。
(四) 關於藥廠資訊系統之維護管理事項。
(五) 其他交辦事項。
二、製造：
(一) 關於藥品之製造、分裝及包裝事項。
(二) 關於原料、物料、在製品之領用、保管事項。
(三) 關於設備、器材之使用、保管、清潔維護事項。
(四) 其他交辦事項。
三、品管：
(一) 關於品質管理方案之擬訂、執行、及檢討事項。
(二) 關於﹁藥品優良製造規範﹂之執行事項。
(三) 關於產品研發、技術改進及藥品製造方法之研究事項。
(四) 其他交辦事項。
四、廠務：
(一) 關於公文、檔案之管理事項。
(二) 關於操作人員之管理、訓練事項。
(三) 關於小額採購及零用金管理事項。
(四) 關於工廠設備、設施之管理及保養維護事項。
(五) 關於環境衛生、消防及安全設施事項。
(六) 關於車輛調配、使用、管理事項。
(七) 關於會客室、會議室之管理事項。
(八) 關於製藥工廠操作人員之勞工保險、全民健康保險及福利事項。
(九) 其他不屬各科之事項。