原機關隨同移轉本院之科技、編制內、民診及特約等各類聘雇人員（以下簡稱各類聘雇人員）改制前之服務年資，其工資（薪給）、保險、退休、資遣、撫卹、褔利等權益事項，依各類聘雇人員原適用之相關勞動法令、管理規定或勞動契約辦理。

前項聘雇人員，其改制前後服務年資應合併計算，年資自受僱原機關之日起算，得繼續適用原選擇之退休金制度；適用勞動基準法退休金制度者，其退休金及資遣費給與標準，依該法第十七條、第五十五條及第八十四條之二規定計算合併給付，改制前後退休金相加總額不得超過退休時四十五個月平均工資。

不願隨同移轉本院之各類聘雇人員，由國防部於改制之日予以安置；無法安置者，依原適用之相關勞動法令、管理規定或勞動契約辦理退休、資遣，分段計算合併給付，並一次加發七個月之慰助金。但已達屆齡退休人員，依其提前退休之月數發給之。

前項聘雇人員於退休、資遣生效日起七個月內，再任有給公職或行政法人職務時，應由再任機關或行政法人收繳其扣除離職月數之剩餘月之慰助金繳庫。

第一項所稱慰助金係指退休或資遣當月所支領之本（功）薪及專業加給。

本院得於不逾設立時軍職編制員額限度內，任用具科技專長軍職人員。其相關權利、義務事項，準用隨同移轉本院之軍職人員相關法規，不受行政法人法第二十條第一項之限制。

本院設立後受僱之新進人員，不具公務人員或軍職人員身分者，應適用勞動基準法。退休金、資遣費給與，依勞工退休金條例辦理。

前項人員相關權利、義務事項，另以勞動契約及工作規則規範之。