保育管理組掌理事項如下：
一、自然資源保育政策之規劃及推動。
二、自然保護區、陸域野生動物保護區、野生動物重要棲息環境、自然地景與自然紀念物之劃設、指定、公告、廢止及變更；陸域有效保育地之規劃及推動。
三、陸域瀕危野生動物與植物保育之規劃及推動；陸域保育類野生動物與珍貴稀有植物名錄之指定、公告、廢止及變更。
四、生態服務給付與友善生態生產之規劃及推動。
五、社區保育與其他棲地保育之規劃及推動；保育相關產業與專業人員之輔導及推動。
六、原住民族相關森林與自然保育之策劃、協調及督導。
七、陸域野生物資源永續利用與管理之規劃、協調及推動。
八、陸域野生動物輸出入之審核及管理；陸域特定入侵種動物危害控制措施之規劃及推動。
九、自然保育研究與陸域野生動物救援及其醫療之規劃、協調及推動。
十、其他有關保育管理事項。