申請人應依直轄市、縣（市）主管機關之通知，以現金或等值之無記名政府公債、定期存款單或銀行開立之本行支票向受理申請之直轄市、縣（市）主管機關繳納保證金，或提供在我國境內營業金融機構之書面保證，或以其他方式提供相當於保證金之擔保。
前項保證金，按營運計畫書所載展演動物數量，依下列規定計算。但經直轄市、縣（市）主管機關同意者，得不予計算非保育類、不易計算或棄養風險較低之動物數量：
一、未滿十隻：新臺幣十萬元。
二、十隻以上、未滿一百隻：新臺幣三十萬元。
三、一百隻以上未滿三百隻：新臺幣五十萬元。
四、三百隻以上未滿六百隻：新臺幣一百萬元。
五、六百隻以上：新臺幣二百萬元。
以附表所列動物（以下簡稱附表動物）進行展演者，依前項計算之保證金金額應加計百分之五十。但加計後之保證金不得超過新臺幣二百萬元。
依第十四條第一項第五款規定申請變更營運計畫書所載展演動物數量者，應依下列規定調整其保證金：
一、數量增加者，應先依前三項規定補足保證金。但已依第五項規定退還部分保證金，並經直轄市、縣（市）主管機關同意者，得免予補足，或依增加數量占原有數量之比例補足。
二、數量減少者，經直轄市、縣（市）主管機關派員現場會勘確認後，得依減少數量占全體數量比例計算後，申請退還溢繳之保證金。
依第十二條第二項規定申請展延許可，且最近一次依第二十五條評鑑之結果為優級者，得於申請展延時，同時申請退還部分保證金；其退還金額由直轄市、縣（市）主管機關審查展演動物者照護展演動物之妥善程度決定之，且退還後所餘保證金不得低於依前四項規定計算後之保證金之百分之二十。
展演動物者依前項規定退還保證金後之年度，有評鑑結果為不合格或違反第二十條規定經依本法第二十九條第一項第二款規定裁處罰鍰之情形者，直轄市、縣（市）主管機關應通知其限期補足全部應繳納之保證金。
第一項定期存款單或書面保證，應加註拋棄行使抵銷權及先訴抗辯權。
保證金經直轄市、縣（市）主管機關同意者，得分期繳納。