智慧財產及商業法院應於每年度終了前，由院長、庭長、法官舉行年終會議，分別決定次年度智慧財產法庭法官及商業法庭法官司法事務之分配、分案符號、代理次序及合議審判時法官之配置。

智慧財產及商業法院智慧財產法庭、商業法庭之法官及試署法官分別依其改任或遴選之類別，辦理智慧財產案件或商業事件之審判相關事務。

院長認有必要時，得於年終會議前召集庭長、法官若干人，組成作業小組，預擬第一項事務分配及代理次序草案。

年終會議後，因案件或法官增減或他項事故，有變更之必要時，得由院長徵詢有關庭長、法官意見後定之。但遇有法官分發調動，而有大幅變更法官司法事務分配之必要時，應以法官會議議決之。

司法事務官配受之事務，因故不能辦理者，應經主任司法事務官報請院長核定分配與次一符號之司法事務官辦理。其接辦之司法事務官仍因故不能辦理者，亦同。若次代理次序以下之司法事務官均不能接辦時，由院長指定司法事務官辦理。

司法事務官依前項規定將事務移出或移入者，應補分或減分相同數額案件。