水權之取得、設定、移轉、變更或消滅，非依本法登記不生效力。

前項規定，於航行天然通航水道者，不適用之。

水權登記，應向直轄市、縣（市）主管機關為之，水源流經二縣（市）以上者，應向中央主管機關為之；流經二省（市）以上者，應向中央主管機關為之。

主管機關辦理水權登記，應具備水權登記簿。

水權之登記，應由權利人及義務人或其代理人提出左列文件，向主管機關申請之：

由代理人申請登記者，應附具委任書。

政府興辦之水利事業，以其主辦機關為水權登記申請人。

地下水之開發，應先行檢具工程計劃及詳細說明，申請水權；俟工程完成供水後，再行依法取得水權。

登記申請，經主管機關審查履勘，認為不適當者，應於審查完畢十日內附具理由駁回申請；認為適當者，應即於審查完畢十日內依下列規定公告，並通知申請人：

前項公告之揭示期間，不得少於十五日。

依前二條公告後，利害關係人得於十五日內，附具理由及證據，向主管機關提出異議。

前項期間，自主管機關公告之日起算。

水權經登記公告，無人提出異議，或異議不成立時，主管機關應即登入水權登記簿，並發給水權狀。但直轄市或縣（市）主管機關發給水權狀時，應層轉或報請中央主管機關驗印備案。

前項水權狀，由中央主管機關製定之。

水權人應在取水地點裝置量水設備，並將全年之逐月用水情形、實用水量，填具用水紀錄表報查。

前項設備及用水情形，主管機關得隨時派員檢查。

下列引取地面水或抽汲地下水之用水行為，免為水權登記：

前項用水，有妨害公共或他人用水利益之虞者，經主管機關認定後，得酌予限制或令其辦理水權登記。

本法中華民國一百零五年五月六日修正之條文施行前，在私有土地內鑿井汲水，其出水量每分鐘在一百公升以下者，除依第一項規定免為水權登記者外，主管機關應訂定計畫令其限期辦理水權登記。