所長綜理所務，並指揮監督所屬職員及機關，其職責如左：
一、檢疫業務興革與技術之研究改進。
二、港區、疫情業務之督導與考核。
三、重要公文之核判及工作計畫之決定。
四、會計、財務收支及編製概算之提示。
五、本所所屬人員依法任免、遷調、考核及獎懲。
六、各單位工作之監督、指導與考核。
七、各單位主管及職員之差假依法核定。
八、重要會議之主持及出席參加。
九、所屬職員出國進修、訓練、考察之遴派。
十、其他有關所務之處理。

副所長承所長之命，處理本所事務，其職掌如左：
一、襄理所長辦理檢疫業務興革與技術之改進研究。
二、襄理所長辦理檢疫業務執行之監督與考核。
三、有關防疫計劃方案及文稿之審核。
四、出席或主持與檢疫有關之會議或協調事宜。
五、臨時交辦事項。

主任秘書承所長之命，處理本所事務，其職責如左：
一、施政計劃之編擬。
二、機要文件之處理及研擬。
三、各種文稿之審核及代判。
四、各組、室工作之協調及聯繫。
五、本所有關會議 (報) 之協調聯繫。
六、所務 (主管) 會報裁示事項及所長交辦事項之追蹤。
七、研考業務之處理及公文稽催。
八、特種文書處理及列管案件年終考核評估。
九、各單位公文定期或不定期及年終抽查分析評估。
十、其他有關臨時交辦事項。

組長、室主任、分所長及中心主任各承所長之命處理業務，其職責如左：
一、本組、室、分所及中心業務之處理及建議。
二、本組、室、分所及中心人員工作之分配、調度及指導。
三、出席或主持會議及主管案件之分配與文稿之審核。
四、主管業務之規劃及執行監督指導。
五、依分層負責授權之文稿核判。
六、所屬人員考核、獎懲之建議。
七、所屬人員給假、依授權假期之核定。
八、其他有關臨時交辦事項。

簡任技正襄佐所長綜理檢疫、疫情、港區衛生管理等業務，其職責如左：
一、審核技術性業務之文稿。
二、有關業務計劃、規定之研擬與審核。
三、出席有關會議。
四、所長臨時交辦事項。

薦任技正承組長 (科長) 、分所長之命辦理有關檢疫、疫情、港區衛生管
理等業務，其職責如左：
一、國際檢疫規章及檢疫技術之研究改進。
二、檢驗技術及檢驗方法之指導。
三、進出口物品抽驗技術之指導改進。
四、疫情資料彙整、疫病預防接種及傳染病、病源查驗預防之規劃。
五、有關檢疫、檢驗計劃之釐訂。
六、港區環境衛生、病媒管制、除蟲滅鼠、蒸燻消毒等業務技術之研究與
督導。
七、入境航空器、船舶、人員及物品檢疫技術之研究。
八、國內外疫情監視、蒐集、調查報告及彙編。
九、支援地方衛生機關辦理傳染病防治工作。
十、其他臨時交辦事項。

技士、技佐、護士、專員、科員、雇員各承長官之命，辦理應辦公務，並
各負其責，各盡其職。