船舶運送業應自許可籌設之日起六個月內，依法辦理公司登記，置妥中華民國國籍之自有船舶，檢具下列文件，連同許可證費申請航政機關核轉主管機關核發船舶運送業許可證：

未依前項規定於許可籌設期限內申請核發許可證者，其籌設之許可應予廢止。但有正當理由者，得於期間屆滿三十日前申請展延，展延期限為六個月，並以二次為限。

新設立之船舶運送業所屬船舶已辦妥接船手續，領有臨時船舶國籍證書，並依第五條規定申請核發船舶運送業許可證者，得申請航政機關核發臨時船舶運送業許可證。

前項臨時船舶運送業許可證有效期間與所領臨時船舶國籍證書有效期間相同，於換領船舶運送業許可證後失效。

船舶運送業變更組織、名稱，應先報請航政機關核轉主管機關許可，並於依法辦妥公司變更登記後三十日內，填具許可證換發申請書（如附件三）、變更登記申請書（如附件五）及變更對照表（如附件六）連同換證費，申請航政機關核轉主管機關換發船舶運送業許可證。

船舶運送業變更地址、資本額、負責人、董事、監察人、經理人，應於辦妥公司變更登記後三十日內，填具變更登記申請書（如附件五）及變更對照表（如附件六、七），報請航政機關備查；分公司設立及其地址、經理人變更準用前段規定辦理。

船舶運送業公司旗幟、標誌圖變更，應報請航政機關轉報主管機關備查。