海關依第十三條第二項及第四十二條規定進行調查時，被調查人規避、妨礙或拒絕提供資料、到場備詢或配合調查者，處新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰，並通知限期配合辦理；屆期未配合辦理者，得按次處罰。

違反第五十九條第二項規定，將保稅工廠之產品、免徵關稅之原料出廠，或將未依第五十九條第三項但書規定補繳關稅之自用機器、設備輸往課稅區者，以私運貨物進口論，依海關緝私條例有關規定處罰。

一、因政府管制出口或配合政府政策，經核准超額儲存原料。

二、工廠遭受天災、事變或不可抗力之事由，經當地消防或稅捐稽徵機關證明屬實。

三、因國際經濟重大變化致不能於規定期限內沖銷，經財政部及經濟部會商同意免徵滯納金。

四、因進口地國家發生政變、戰亂、罷工、天災等直接影響訂貨之外銷，經查證屬實。

五、在規定沖退稅期限屆滿前已經出口，或在規定申請沖退稅期限屆滿後六個月內出口者。

（刪除）

經營報關、運輸、承攬、倉儲、貨櫃集散站及其他與通關有關業務之業者，違反第十條第三項所定辦法中有關辦理電腦連線或電子資料傳輸通關資料之登記、管理或通關程序之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之連線報關。

經營與海關電腦連線或電子資料傳輸通關資料業務之通關網路業者，違反第十條第五項所定辦法中有關營運項目、收費基準、營業時間或管理之規定者，由財政部予以警告或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。

載運客貨運輸工具負責人或運輸工具所屬運輸業者，違反第十四條第三項所定辦法中有關轉運、轉口貨物之申報方式、通關程序或管理之規定，或違反第二十條第三項所定辦法中有關辦理進出口通關、執行運輸業務、通關事項管理、變更登記、證照之申請或換發之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。

承攬業者違反第十四條第三項所定辦法中有關轉運、轉口貨物之申報方式、通關程序或管理之規定，或違反第二十條之一第二項所定辦法中有關申報內容、程序、變更登記、證照之申請、換發或通關事項管理之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下申報貨物艙單及辦理轉運、轉口業務或廢止其登記。

財政部指定之業者違反第十四條第三項所定辦法中有關轉運、轉口貨物之申報方式、通關程序或管理之規定，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下辦理轉運、轉口業務。

保稅運貨工具所有人違反第二十五條第三項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅運貨工具使用管理、即時追蹤系統之規格、裝置、車機封條之加封、解封程序、維持即時追蹤系統運作或電子資料傳輸之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下裝運貨物或廢止其登記。

貨棧或貨櫃集散站業者違反第十四條第三項所定辦法中有關轉運、轉口貨物或貨櫃之存放、移動、通關或管理之規定，或違反第二十六條第二項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨櫃及貨物之存放、移動、通關或管理之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃及貨物或廢止其登記。

經海關核准實施自主管理之業者違反第二十六條之一第三項所定辦法中有關自主管理應辦理之事項、專責人員應具備之資格、任務或人數之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准。

經營快遞業務之業者辦理快遞貨物通關，違反第二十七條第二項所定辦法中有關業者資格、貨物態樣、貨物識別、貨物申報、理貨或通關程序之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務或廢止其登記。

經海關許可使用自備封條之業者，違反第二十八條之一第四項所定辦法中有關自備封條之類別、驗證基準、使用範圍、校正或管理之規定者，海關得停止其一年以下使用自備封條，情節重大者，得廢止其許可，並自廢止許可之日起一年內不得再申請使用自備封條。

保稅倉庫業者違反第五十八條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅倉庫之設備建置、貨物之存儲或管理之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下進儲保稅貨物、按月彙報或廢止其登記。

保稅工廠業者違反第五十九條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅工廠之設備建置、保稅物品之加工、管理、通關或產品內銷應辦補稅程序之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅工廠業務之一部或全部、按月彙報或廢止其登記。

物流中心業者違反第六十條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨物之管理或通關之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下貨物進儲、按月彙報或廢止其登記。

免稅商店業者違反第六十一條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨物之管理、通關或銷售之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下免稅商店業務之經營或廢止其登記。

辦理外銷品沖退稅之廠商，違反第六十三條第五項所定辦法中有關沖退原料關稅計算或記帳沖銷之規定者，海關得停止廠商六個月以下之記帳。

進出口貨物如有私運或其他違法漏稅情事，依海關緝私條例及其他有關法律之規定處理。