中央主管機關基於政策或衡量產業園區內興辦工業人之經營需要，且經評估非鄰近商港所能提供服務者，得於其所核定設置之產業園區內，設置工業專用港或工業專用碼頭。

前項工業專用港或工業專用碼頭之設置，應由中央主管機關會商交通部後，報行政院核定。

工業專用港或工業專用碼頭區域之劃定，由中央主管機關會商交通部、內政部及有關機關後，報行政院核定。

工業專用港或工業專用碼頭之指定，由中央主管機關會同交通部，報行政院核定後公告。

工業專用港或工業專用碼頭內設施使用之土地應登記為國有，管理機關為經濟部。

工業專用港或工業專用碼頭之使用對象，由中央主管機關會同交通部認定之。

工業專用港或工業專用碼頭，不得供該產業園區以外之使用。

工業專用港或工業專用碼頭得由中央主管機關自行興建及經營管理，或經中央主管機關核准由公民營事業投資興建及經營管理。

經中央主管機關核准由公民營事業投資興建及經營管理工業專用港或工業專用碼頭，中央主管機關應與該公民營事業簽訂投資興建契約，並收取權利金，解繳至中央主管機關設置之產業園區開發管理基金。

公民營事業依第一項規定投資興建之相關設施及建築物，得於投資興建契約中約定於投資興建及經營管理期間內，登記為該公民營事業所有，並由其自行管理維護。

前項投資興建及經營管理期間，公民營事業不得移轉其投資興建之相關設施及建築物之所有權，且應於期間屆滿後，將相關設施及建築物所有權移轉予國有，由中央主管機關管理之。

工業專用港或工業專用碼頭規劃建設之執行、港埠經營、港務管理、專用碼頭之興建、管理維護、船舶入出港、停泊、停航、港區安全、港區行業管理及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同交通部定之。

中央主管機關基於國家安全或政策需要，得收回工業專用港或工業專用碼頭內之土地及相關設施、建築物。

中央主管機關依前項規定收回土地、相關設施或建築物時，應給予公民營事業或興辦工業人下列補償：

第五十八條第一項之公民營事業因違反投資興建契約，或前條興辦工業人違反租約時，致中央主管機關終止投資興建契約或租約，中央主管機關得收回工業專用港或工業專用碼頭內之土地及相關設施、建築物，公民營事業或興辦工業人所興建之相關設施及建築物，不予補償。

第五十八條第一項之公民營事業或第五十九條之興辦工業人於興建、經營管理或使用工業專用港或工業專用碼頭期間，如有施工進度嚴重落後、工程品質重大違失、經營不善、危害公益、妨礙工業專用港或工業專用碼頭相關設施正常運作或其他重大情事發生時，中央主管機關得依下列順序處理：

前項強制接管營運之接管人、接管前公告事項、被接管人應配合事項、勞工權益、接管營運費用、接管營運之終止及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

中央主管機關得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取管理費。

工業專用港或工業專用碼頭之相關設施及建築物之所有權人，得向設施或建築物使用人收取使用費。

工業專用港或工業專用碼頭之經營管理者，得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取服務費。

前三項管理費、使用費及服務費，其收費項目、費率及計算方式之辦法，由中央主管機關會商交通部定之。

工業專用港或工業專用碼頭之規劃建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，準用商港法第五條、第十條、第十六條至第二十一條、第二十三條至第二十六條、第二十九條、第三十條第三項、第三十一條至第三十三條、第三十七條至第四十八條及第五十條規定。

中央主管機關應於會商交通部後，始得將工業專用港或工業專用碼頭之管理，委託商港管理機關辦理。