本條例所稱主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

本條例所稱動物防疫機關，係指各級主管機關依第八條第二項所設之機關及鄉（鎮、市）公所。

主管機關對於主管事項涉及國民健康者，應會同衛生主管機關行之。

本條例所稱檢疫物，指前條所稱動物及其血緣相近或對動物傳染病有感受性之其他動物，並包括其屍體、骨、肉、內臟、脂肪、血液、皮、毛、羽、角、蹄、腱、生乳、血粉、卵、精液、胚及其他可能傳播動物傳染病病原體之物品。

中央主管機關得指定前項檢疫物之品目，公告為應實施檢疫之檢疫物（以下簡稱應施檢疫物）。

本條例所稱動物傳染病，由中央主管機關依傳染病危害之嚴重性，分為甲、乙、丙三類公告之。

直轄市或縣（市）主管機關為防治動物傳染病之發生、傳染及蔓延，得以命令指定前項以外之動物傳染病，並適用本條例之一部或全部。

本條例所稱罹患動物傳染病，係指動物發病後，經診斷確定已感染動物傳染病者。

本條例所稱疑患動物傳染病，係指動物發病後，認有感染動物傳染病之虞，尚未經診斷，或經診斷而尚無法確定者。

本條例所稱可能感染動物傳染病，係指與罹患或疑患動物傳染病之動物直接或間接接觸，尚未發病，而依流行病學資料研判，有被感染動物傳染病之虞者。

各級主管機關應置動物防疫人員，由具獸醫師資格者任之。

直轄市、縣（市）政府應設動物防疫機關；中央主管機關應設動物防疫檢疫機關，必要時得設中央獸醫研究所。

輸出入動物檢疫機關，應置動物檢疫人員，由具獸醫師資格者任之。

各級主管機關為緊急防治動物傳染病，得調派轄內動物防疫人員或動物檢疫人員，施行緊急防治。

動物防疫人員因防疫必要，得進入動物飼養場所、倉庫及其相關處所、車、船、航空器，對動物、動物產品與其包裝、容器及相關物品，實施檢查、查閱相關資料或查詢關係人，所有人或關係人不得規避、妨礙或拒絕。

動物檢疫人員因檢疫必要，得對到達港、站具傳播動物傳染病之虞之動物、動物產品及其包裝、容器、貨物、郵包、行李、車、船、航空器、貨物之存放或集散場所，實施檢查、查閱相關資料或查詢關係人，所有人或關係人不得規避、妨礙或拒絕。

所有人或關係人規避、妨礙或拒絕前二項之檢查、查閱者，動物防疫檢疫人員得強制執行檢查、查閱。