違反本法規定者，罰鍰額度除依下列規定附表一至附表八所列情事裁處外，依行政罰法第十八條第一項規定，應審酌違反本法義務行為應受責難程度、所生影響，並得考量受處罰者之資力。
一、畜牧業適用附表一。
二、社區及其他指定地區或場所專用污水下水道系統適用附表二。
三、前二款以外之事業或污水下水道系統適用附表三。
四、建築物污水處理設施適用附表四。
五、違反本法第三十條水污染管制區內禁止行為者，適用附表五。
六、違反本法第十一條第四項所定辦法，逾期九十日仍未繳納水污染防治費者適用附表六。
七、違反依本法第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項規定，有申報義務而不為申報或申報不完全者，適用附表七。
八、違反本法各條款對應之處分基數，適用附表八。