秘書室職掌如下：
一、關於本署施政方案、計畫之彙編事項。

二、關於本署由院列管、部會列管、自行列管之選定、管制考核、年度施
政計畫執行情形及年度考成事項。
三、關於世界各國兵役制度及兵役政策之研擬規劃事項。
四、關於兵役業務權責劃分及聯繫合作之規劃督導事項。
五、關於本署年度為民服務之推展事項。
六、關於兵役節業務之規劃、執行、督導事項。
七、關於本署署務會報、年度業務檢討會之議事管理事項。
八、關於本署工作報告、簡報及年鑑之撰擬、彙編事項。
九、關於文書稽催、公文處理與及時效統計、公文品質查考之管制及考核
事項。
十、關於上級指示或交辦案件及其他重要業務列管事項之管制考核。
十一、關於本署業務督考與研究發展工作之規劃及推展事項。
十二、關於院長、部長電子信箱及民眾申辦案件電子化單一窗口相關事項
。
十三、關於公共關係與文宣品印製及新聞發布事項。
十四、關於兵役業務之宣傳及活動事項。
十五、關於役政通訊之製作事項。
十六、關於印信之蓋用及典守事項。
十七、關於文書處理之規劃、解釋與公文之收發、登記、分文及繕校事項
。
十八、關於電子公文交換管理及電子郵件之處理、督導事項。
十九、關於檔案管理之規劃、督導與歸檔公文之點收、分類、裝訂、典藏
及清理事項。
二十、關於事務管理規則規定之出納、財產、物品、車輛、辦公處所、宿
舍、工友之管理事項。
二十一、關於車輛、器材、裝備之採購、分配、督導、管理事項。
二十二、關於辦公廳舍各項設施之安全維護事項。
二十三、關於本署年度立法計畫之研擬、規劃事項。
二十四、關於役政法規之制 (訂) 定、修正、廢止之審查、整理、編印事
項。
二十五、關於役政法規解釋及國家賠償事件之處理事項。
二十六、關於役政業務訴願案件之受理、分案、管理事項。
二十七、其他交辦事項。