本基金之收支、保管及運用，應設促進轉型正義基金管理會（以下簡稱本會），置委員十五人至十七人，其中一人為召集人，由國發會主任委員兼任；一人為副召集人，由國發會副主任委員兼任，其餘委員，由國發會就下列機關（單位）代表或人員聘兼之：
一、內政部。
二、財政部。
三、教育部。
四、法務部。
五、衛生福利部。
六、文化部。
七、原住民族委員會。
八、行政院主計總處。
九、不當黨產處理委員會。
十、行政院人權及轉型正義處。
十一、專家、學者或民間團體代表三人至五人。
前項第十一款專家、學者，應具備轉型正義、人權、法律或基金財產經營管理相關專業。
本會委員任一性別比例不得低於三分之一。
本會委員任期二年，期滿得續聘之；均為無給職。機關（單位）代表職務異動時，應隨其本職進退；專家、學者或民間團體代表出缺時，應予補聘，其任期至原聘任委員任期屆滿之日止。