直轄市或縣（市）政府應依下列規定辦理已獲行政院核定撥補之各項復建工程；有違反下列各款規定之一者，中央得取消核定該項復建工程之撥補經費：
一、各項復建工程應於規定期限內完成發包作業及完工。但經行政院公共工程委員會同意展延期限者，不在此限。
二、各項復建工程應依核定之工程內容（含地點、數量、工法）辦理規劃設計，除有特殊原因並報經行政院公共工程委員會專案同意者，或在不降低原工程預定目標、效益及功能情形下，始可變更工程內容，其餘情形均不得變更工程內容。直轄市或縣（市）政府應建立一定比例抽查機制，抽查其與直轄市山地原住民區或鄉（鎮、市）公所辦理之各項復建工程是否符合核定之工程內容，並將抽查結果報送中央政府相關主管機關及行政院公共工程委員會。
三、各項復建工程應依政府採購法之規定，於第八條第一項核定經費範圍內辦理發包；如有超出核定數，其超出部分，應由各該直轄市或縣（市）政府自行籌應。實際執行時，如有工程項目取消辦理或產生賸餘，應將款項繳回中央，不得逕自調整或移作他用。
四、各項復建工程辦理變更設計金額超出各該工程實際發包金額之百分之三十者，應先報經行政院公共工程委員會核定後始得辦理。
五、各項復建工程於核定撥補經費後，直轄市或縣（市）政府應於直轄市或縣（市）政府網站以顯著方式或設置災後復建審議專區公布；其於完成發包作業後，直轄市或縣（市）政府應於行政院公共工程委員會之公共工程標案管理系統登錄相關資料及發包金額。中央政府相關主管機關得就其登錄之資料與復建工程相關發包及執行情形等，視實際需要進行抽查，並得依抽查結果，停撥、減撥或取消原核定之撥補款項；有施作異常之情形者，一律列入抽查案件。行政院公共工程委員會得參酌第二款之抽查結果，統籌並調配中央政府相關主管機關辦理必要之現勘抽查。
六、各項復建工程應於規定之完工期限後六個月內完成經費請撥作業。但經行政院主計總處同意展延期限者，不在此限。
經依前項規定取消撥補經費之直轄市或縣（市）政府，應將已獲撥補之款項辦理繳回或由中央自其他已獲核定且尚未撥付之款項中扣抵，如不敷扣抵者，自其當年度或以後年度獲分配之中央一般性補助款中予以扣抵。
直轄市或縣（市）政府提報之災害復建經費經行政院核定不予撥補者，應建立復建工程執行管理機制，定期召開檢討會議，並於行政院公共工程委員會之公共工程標案管理系統登錄相關進度資料。