本規則依動物傳染病防治條例（以下簡稱本條例）第二十八條第二項規定訂定之。

運入澎湖地區之偶蹄類動物，應經來源場所在地動物防疫機關動物防疫人員檢查為健康情形良好，來源場應落實生物安全及運輸車輛消毒工作，並符合下列檢查條件：

一、豬隻：來源場於過去三個月內無發生甲類動物傳染病，並於豬隻運入澎湖地區前一個月內，應經血清抗體檢驗呈口蹄疫非結構蛋白抗體陰性反應。但由指定肉品市場運入，且運抵澎湖地區後逕送屠宰場於二十四小時內屠宰完畢者，不在此限。

二、豬隻以外之偶蹄類動物：來源場於過去三個月內無發生甲類動物傳染病，並於偶蹄類動物運入澎湖地區前，應經血清抗體檢驗呈口蹄疫非結構蛋白抗體陰性反應。

一、豬隻：應隔離檢查十四日。但健康情形良好者，得縮短期間為七日。豬隻未完成豬瘟疫苗基礎免疫者，應再補強一劑疫苗。隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。

二、豬隻以外之偶蹄類動物：應隔離檢查十四日。隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。

一、飼養條件：

（一）豬隻：產自澎湖地區之來源場或經澎湖地區之來源場飼養三個月以上。

（二）豬隻以外之偶蹄類動物：產自澎湖地區之來源場或經澎湖地區之來源場飼養一年以上。

二、來源場於偶蹄類動物運出澎湖地區前三個月內無發生甲類動物傳染病。

三、來源場應依本條例第十三條之一規定使用疫苗。

進出澎湖地區之偶蹄類動物在運輸途中罹患或疑患動物傳染病，不得擅自起卸，並應於動物防疫人員或動物檢疫人員監督下為必要之處置。

進出澎湖地區之偶蹄類動物經檢查結果為罹患、疑患或可能感染動物傳染病者，禁止其進出，並得為必要之處置。