新設立且應先檢具水措計畫之事業，於未取得目的事業主管機關之相關證明文件前，由核發機關先核准水措計畫者，依下列規定辦理：

新設立之事業或污水下水道系統因目的事業主管機關定有設立許可、試車、會勘或登記之制度，非以證明文件申請許可證（文件），由核發機關先核發許可證（文件）者，應於取得該登記證明文件後三十日內，辦理變更。

事業或污水下水道系統辦理水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延前，須先繪製全廠（場）空氣、水、廢棄物、毒性及關注化學物質污染流向示意圖，檢視污染在不同介質間之流向及在各類環保許可證（文件）間之關連。

事業或污水下水道系統向核發機關提出水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延，有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，須同時依各該環保法規規定提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。但可提出未實質涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，不在此限。

經核發機關確認有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延而未同時提出者，核發機關得續依本辦法規定審查，並通知事業或污水下水道系統應提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。

數事業或污水下水道系統共同採用同一水措方法者，應共同申請水措計畫、許可證（文件）。

事業或污水下水道系統採委託處理者，其申請、變更或展延涉及受託處理者資料之變更時，委託者及受託者，應共同申請之。

前項受理機關不同時，由受託者之核發機關邀集委託者之核發機關參與審查。

事業或污水下水道系統採行二種以上水措方法者，應同時檢具各該水措方法之相關資料。

事業或污水下水道系統因天然災害或緊急事故發生時，依主管機關之命令所採行之水措，免依本辦法規定申請或變更水措計畫、許可證（文件）。

自來水事業減少供水或輪流供水、停水期間，事業以槽車或其他方式補充其用水來源，且未超出原登記之總用水量時，免依本辦法規定變更水措計畫、許可證（文件）。

事業或污水下水道系統，於作業環境內因土壤、地下水污染整治所產生之水，符合下列規定，且經主管機關依土壤及地下水污染整治法之規定審查同意，應納入廢（污）水處理設施處理者，其所採行之水措，免依本辦法規定申請或變更水措計畫、許可證（文件）：

事業或污水下水道系統依本辦法規定辦理水措計畫、許可證（文件）之申請、變更或展延，其檢具與後續補正之申請表及經核發機關核准之水措計畫核准文件、許可證（文件），應依中央主管機關規定公開之內容，隱匿個人資料後，公開於中央主管機關指定之網站。未依規定公開於資訊網路，核發機關應通知限期補正，屆期未補正，應駁回申請。

前項核准文件，核發機關應將核准內容上傳於水污染源管制資料管理系統，並於核准後十四日內以書面掛號送達或作成電話紀錄方式通知事業或污水下水道系統下列事項：

核發機關確認事業或污水下水道系統將水措計畫核准文件、許可證（文件）核准內容公開於中央主管機關指定之網站及完成繳費後，始得核發水措計畫核准文件、許可證（文件）核准文件。核發機關核發水措計畫核准文件、許可證（文件）核准文件後，應將許可證（文件）首頁公開於中央主管機關指定之網站。

核發機關依第二項通知領取水措計畫核准文件、許可證（文件）後，事業或污水下水道系統應完成領證，並依登記事項運作，始得貯留、稀釋或排放廢（污）水。

事業或污水下水道系統於核發機關通知領證日達一年始辦理領證者，核發機關應現場確認符合原核准事項後，始得發證，如未符合原核准事項，應通知限期補正。

事業或污水下水道系統於本辦法中華民國一百零五年一月十九日修正施行前，取得水措計畫及許可證（文件）者，應於中央主管機關指定公開於資訊網路日起三個月內，於中央主管機關指定之網站公開最近一次經核發機關核准之文件。

事業或污水下水道系統依本辦法規定辦理水措計畫、許可證（文件）之申請、變更或展延，於申請日前一年內有違反本法情事經主管機關處分者，依前條第一項規定辦理時，應另將檢具與後續補正檢附之文件公開於資訊網路。

前項違反本法情事經主管機關處分，以主管機關開立裁處書之日或移送地方法院檢察署偵查之日認定之。但提起行政救濟者，以原處分確定之日認定之。

直轄市、縣（市）主管機關於本辦法中華民國一百零五年一月十九日修正施行前，已受理依本法第六十三條第一項規定申請復工（業）者提出之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，但尚未完成復工（業）准駁者，應於完成審查之日起二十日內，將審查會議紀錄及經核定之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，公開登載於中央主管機關指定之網頁。

前項經核定之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，直轄市、縣（市）主管機關應隱匿個人資料後公開。

申請水措計畫或許可證（文件）審查時，依附表三及附表四檢具之依規定應揭露之排放廢（污）水污染物之水措資料及其相關書面文件，已依新化學物質及既有化學物質資料登錄辦法向中央主管機關申請保密且經核准者，不予公開。

第三十四條、第五十六條及第五十八條所稱個人資料，包括姓名、身分證或護照字號、個人照片、出生日期、聯絡電話、行動電話、傳真電話、電子郵件、戶籍所在地址或其他得以直接或間接方式識別該個人之資料。

地三十四條、第五十六條及第五十八條應公開於資訊網路之資料及文件涉及工商機密者，於提出符合下列要件之證明文件，向直轄市、縣（市）主管機關申請保密並經核准後，得隱匿不公開：

經地方政府補助設置畜牧糞尿資源化設備處理其他畜牧場畜牧糞尿之事業，或委託上述事業處理畜牧糞尿之其他畜牧業，其許可證（文件）申請、變更之相關規定，應依中央主管機關補助地方政府之計畫辦理。

直轄市、縣（市）主管機關依前項計畫之規定，於竣工查驗通過後，應將畜牧糞尿資源化設備處理其他畜牧場畜牧糞尿計畫內容納入許可證（文件）登記，並通知事業確認登記事項後，核准或換發其許可證（文件），及依第五十六條第一項及第二項規定隱匿個人資料後公開於中央主管機關指定之網站，完成許可證（文件）領證。