以工業區土地作價投資於中小企業者，經該中小企業同意，以該中小企業所取得之該中小企業之股票作為納稅擔保，投資人應繳納之土地增值稅，得自該項土地投資之年分起，分五年平均繳納。

前項投資之土地，以供該中小企業自用者為限；如非供自用或再轉讓時，其未繳之土地增值稅，應由投資人一次繳清。

中小企業因左列原因之一，遷廠於工業區、都市計畫工業區或於本條例施行前依獎勵投資條例編定之工業用地，其原有工廠用地出售或移轉時，應繳之土地增值稅，按其最低級距稅率徵收：

依前項規定遷建工廠後三年內，將其工廠用地轉讓於他人者，其遷廠前出售或移轉之原有工廠用地所減徵之土地增值稅部分，應依法補徵之。

為促進中小企業研發創新，中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司或有限合夥當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限；一經擇定，不得變更：

供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在二年以上者，准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短二分之一計算折舊；縮短後餘數不滿一年者，不予計算。

第一項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。

為促進創新研發成果之流通及應用，中小企業以其享有所有權之智慧財產權，讓與非屬上市、上櫃或興櫃公司，所取得之新發行股票，免予計入該企業當年度營利事業所得額課稅。

個人以其享有所有權之智慧財產權，讓與非屬上市、上櫃或興櫃之公司時，該個人所得之新發行股票，免予計入其當年度綜合所得額課稅。

前二項股票於實際轉讓、贈與或作為遺產分配時，應將全部轉讓價格，或贈與、遺產分配時之時價作為該轉讓、贈與或遺產分配年度之收益，並於扣除取得前開股票之相關而尚未認列之費用或成本後，申報課徵所得稅。

前項股票發行公司於辦理前項規定之股票移轉過戶手續時，應於移轉過戶之次日起三十日內，向所在地稅捐稽徵機關申報。發行公司依前項規定應申報而未依限申報、未據實申報或未依限填發規定格式之憑單者，除依限責令補申報及填發憑單外，並按該股票轉讓金額處百分之二十之罰鍰。

中小企業或個人計算第二項及第三項所得時，如無法提出取得成本之證明時，得以其轉讓價格百分之三十計算該股票之取得成本。

中小企業得在不超過已收資本額一倍之限度內，保留盈餘，不予分配；超過以上限度而不分配者，就其每一年度再保留之盈餘，於加徵百分之十營利事業所得稅後，不受所得稅法之限制。

八十七年度及以後年度之保留盈餘，應依所得稅法規定辦理，不適用前項規定。

中小企業開發公司對成立未滿五年之中小企業投資，得經中央財政主管機關核准，按其投資總額百分之二十範圍內，提撥投資損失準備，供實際發生損失時充抵之。在提撥五年內若無實際投資損失發生時，應將提撥之準備轉作第五年度收益處理。

公司因解散、撤銷、廢止、合併或轉讓依所得稅法第七十五條規定計算清算所得時，依前項規定提撥之投資損失準備有累積餘額者，應轉作當年度收益處理。

中小企業增僱一定人數之二十四歲以下或六十五歲以上本國籍基層員工，且提高該企業整體薪資給付總額時，得就其增僱該員工所支付薪資金額之百分之二百限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。

中小企業調高本國籍基層員工之平均薪資給付水準時，得就非因法定最低工資調整而增加支付本國籍現職基層員工薪資金額之百分之一百七十五限度內，自其增加薪資當年度營利事業所得額中減除。但因增僱員工所致增加之薪資給付金額已適用前項規定者，不得重複計入。

前二項增僱員工之對象及人數、企業整體薪資給付總額、基層員工範圍及平均薪資給付水準計算方式、核定機關、申請應具備之要件、申請期限、申請程序及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。

中小企業已依其他法律享有租稅優惠者，不得就同一事項重複享有本條例所定之租稅優惠；就同一事項同時符合本條例所定不同租稅優惠規定者，應擇一適用，不得重複享有。

中小企業最近三年因違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大，經各中央目的事業主管機關認定者，不得申請本條例之租稅優惠。