事業自行或委託清除機構清除有害事業廢棄物至該機構以外之貯存或處理場所時，須填具一式六聯之遞送聯單（以下簡稱紙本聯單）或以網路傳輸方式填具電子化遞送聯單（以下簡稱電子聯單）。但屬依本法第三十一條第一項公告應以網路傳輸方式申報廢棄物之產出、貯存、清除、處理、再利用、輸出、輸入、過境或轉口情形之事業，不在此限。
前項之紙本聯單經清除機構簽收後，第一聯由事業於七日內送產生廢棄物所在地之主管機關以供查核，第六聯由事業存查，第二聯至第五聯由清除機構於二日內送交處理機構簽收，清除機構保存第五聯。處理機構應於處理後七日內將第三聯送回事業，第四聯送事業所在地之主管機關以供查核，並自行保存第二聯；其為採固化法、穩定法或其他經中央主管機關公告之處理方法處理有害事業廢棄物之處理機構，應同時檢附最終處置進場證明。
第一項之電子聯單，由清除機構於二日內送交處理機構簽收；處理機構應於完成處理後一日內於中央主管機關指定之網路傳輸申報系統申報。
有害事業廢棄物輸出國外處理前之暫時貯存採紙本聯單者，免填第二聯及第三聯，第四聯由清除機構於廢棄物運至貯存場所後簽章填送；採電子聯單者，由清除機構於二日內送交有害事業廢棄物輸出國外處理前之貯存場所後簽收。
有害事業廢棄物送達處理機構時，處理機構應立即檢視有害事業廢棄物成分、特性、數量與紙本聯單或電子聯單及契約書是否符合，若所載不符者，應於翌日起二日內，請清除機構或事業補正，並向當地主管機關報備。
事業於有害事業廢棄物清運後三十五日內，應主動追蹤委託清除、處理之情形。該有害事業廢棄物有未清除、處理完畢之情形者，應向當地主管機關報備。
事業自行清除、處理有害事業廢棄物者，其紙本聯單或電子聯單應由執行清除、處理者簽章再經事業簽章後，依第一項至前項規定程序辦理。
第一項及前項之紙本聯單或電子聯單，應保存三年，以供查核。
紙本聯單或電子聯單之遞送或申報日期，適逢假日時，得順延至次一工作日。