中央主管機關應依水體特質及其所在地之情況，劃定水區，訂定水體分類及水質標準。

前項之水區劃定、水體分類及水質標準，中央主管機關得交直轄市、縣（市）主管機關為之。

劃定水區應由主管機關會商水體用途相關單位訂定之。

事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，排放廢（污）水於地面水體者，應符合放流水標準。

前項放流水標準，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之，其內容應包括適用範圍、管制方式、項目、濃度或總量限值、研訂基準及其他應遵行之事項。直轄市、縣（市）主管機關得視轄區內環境特殊或需特予保護之水體，就排放總量或濃度、管制項目或方式，增訂或加嚴轄內之放流水標準，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之。

水體之全部或部分，有下列情形之一，直轄市、縣（市）主管機關應依該水體之涵容能力，以廢（污）水排放之總量管制方式管制之：

前項總量管制方式，由直轄市、縣（市）主管機關擬訂，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之；水體之部分或全部涉及二直轄市、縣（市）者，或涉及中央各目的事業主管機關主管之特定區域，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之。

各級主管機關應設水質監測站，定期監測及公告檢驗結果，並採取適當之措施。

前項水質監測站採樣頻率，應視污染物項目特性每月或每季一次為原則，必要時，應增加頻率。

水質監測採樣之地點、項目及頻率，應考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，並由各級主管機關依歷年水質監測結果及水污染整治需要定期檢討。第一項監測站之設置及監測準則，由中央主管機關定之。

各級主管機關得委託有關機關（構）及中央主管機關許可之檢驗測定機構辦理第一項水質監測。

第一項公告之檢驗結果未符合水體分類水質標準時，各目的事業主管機關應定期監測水體中食用植物、魚、蝦、貝類及底泥中重金屬、毒性化學物質及農藥含量，如有致危害人體健康、農漁業生產之虞時，並應採取禁止採捕食用水產動、植物之措施。

中央主管機關對於排放廢（污）水於地面水體之事業及污水下水道系統（不含公共污水下水道系統及社區專用污水下水道系統），應依其排放之水質水量或依中央主管機關規定之計算方式核定其排放之水質水量，徵收水污染防治費。

地方政府應對依下水道法公告之下水道使用區域內，未將污水排洩於下水道之家戶，徵收水污染防治費。

前二項水污染防治費應專供全國水污染防治之用，其支用類別及項目如下：

前項第一款第五目及第二款第六目之支用比例不得高於各類別之百分之十。

第一項水污染防治費，其中央與地方分配原則，由中央主管機關考量各直轄市、縣（市）主管機關水污染防治工作需求定之。

第一項水污染防治費，各級主管機關應設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由行政院、直轄市及縣（市）政府分別定之。

第二項水污染防治費，地方政府得設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由地方政府定之。

第一項水污染防治費得分階段徵收，各階段之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限、階段用途及其他應遵行事項之收費辦法，由中央主管機關定之。水污染防治執行績效應逐年重新檢討並向立法院報告及備查。

第二項水污染防治費之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限及其他應遵行事項之自治法規，由地方政府定之；其中水污染防治費費率應與下水道使用費費率一致。

第一項水污染防治費，中央主管機關應成立水污染防治費費率審議委員會，其設置辦法由中央主管機關定之。

污水下水道建設與污水處理設施，應符合水污染防治政策之需要。

中央主管機關應會商直轄市、縣（市）主管機關訂定水污染防治方案，每年向立法院報告執行進度。