國際航空站、國際港口管制區域內、外之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人，得擬具開發可行性規劃報告及營運計畫書，送請國際航空站、國際港口之自由港區管理機關初步審核同意，並由主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。

前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。

第一項之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人依前項程序提出申請時，各該管理機關應於初步審核時舉行公聽會，聽取民眾之意見，申請案件如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。

第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。

自由港區管理機關掌理港區內下列事項：

自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：

自由港區事業僱用外國勞工之工資，應依勞動基準法基本工資限制之規定辦理。

自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分者。

未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。

超出第二項僱用規定比率者，應予獎勵；其獎勵辦法，由中央原住民族主管機關定之。

申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區籌設及營運許可。

前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、營運組織型態、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

外國人得向自由港區管理機關申請設立以境外投資為專業之控股公司，不適用外國人投資條例之規定。

國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。