本法之主管機關為文化部。

本法所定事項涉及其他目的事業主管機關職掌者，由主管機關會商各目的事業主管機關辦理。

任何涉及水下文化資產之活動，應避免不必要干擾人類遺骸或歷史悠久之遺址。

水下文化資產不得作為商業開發之標的。但為協助公眾親近、教育宣導，經主管機關事前核准者，不在此限。

主管機關應建立水下文化資產調查、研究、發掘、保存及修復之完整個案資料，依檔案法及其相關法令規定，永久保存。

前項資料，主管機關應以適當方式公開之。但資料公開將造成水下文化資產之損害或有不利其保存、保護及管理之虞者，不在此限。

主管機關應召開水下文化資產審議會，進行下列事項之審議：

前項審議會之組成、運作及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。

應進行環境影響評估之開發行為，或政府機關（構）與公營事業機構於策定或核定涉及水域之開發、利用計畫前，應先行調查所涉水域有無水下文化資產或疑似水下文化資產，如有發現，應即通報主管機關處理。

前項開發、利用之範圍與認定、調查與處理方式及程序，由中央主管機關會同相關目的事業主管機關定之。

目的事業主管機關於核准或許可涉及海床或底土之活動前，應先通知主管機關。

前項活動之項目、內容、範圍及其他應遵行事項之辦法，由主管機關會商相關目的事業主管機關定之。

主管機關為推動水下文化資產保存工作，應進行各項水下文化資產專業人才之培育。

前項專業人才培育之項目、方式、程序、考選、評核、運用、撤銷、廢止及其他相關事項之辦法，由主管機關會商有關機關定之。

任何人發現疑似水下文化資產時，應即停止該影響疑似水下文化資產之活動，維持現場完整性，並立即通報主管機關處理。但為避免緊急危難或重大公共利益之必要，得不停止該活動，並應於發現後立即通報主管機關處理。

前項疑似水下文化資產如已出水者，應立即送交主管機關處理。

主管機關接獲第一項通報後，得採取下列措施：

前項第三款暫時保護區，準用第二十八條至第三十三條規定；其期間以二年為限，但必要時得延長一次，期滿失其暫時保護區之效力。

主管機關依第三項規定採取之措施，於必要時得請求海岸巡防機關依其職權協助之。