本辦法依中小企業發展條例第三十五條第三項規定訂定之。

本辦法所稱研究發展，指中小企業自行以科學方法或技術手段從事具備一定創新程度之產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。

一、為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。

二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。

依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之中小企業，應符合下列資格條件：

一、依法辦理公司登記並合於中小企業認定標準第二條所定基準之事業。

二、最近三年未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。

一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。

二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供其研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。

三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。

四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。

一、第一項第一款人員工作內容、工作活動紀錄、工作時間紀錄與足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。

二、第一項第二款至第四款購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。

中小企業從事研究發展活動，除依第六條第一項第二款委外研究發展及第三項共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，以在臺灣地區從事者始得認列研究發展支出。

一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。

二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。

三、委託經經濟部產業發展署認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。

一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。

二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。

三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。

四、與國外公司、大專校院或研究機構共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。

中小企業投資於研究發展之支出，申請適用投資抵減，應符合下列規定之一：

一、中小企業所研究發展之產品、技術或創作應專供其自行使用。

二、中小企業研究發展之產品、技術或創作供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。但中小企業負責研究發展、收受訂單及銷售，其研究發展之產品、技術或創作提供其負責代工或生產之國內外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理之權利金或其他合理之報酬，提出足資證明已將合理利潤留於該中小企業之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查明屬實者，不在此限。

一、於支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。

二、於支出金額百分之十限度內，抵減自當年度起三年內各年度應納營利事業所得稅額。

前條第一項所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。

中小企業適用投資抵減之研究發展之支出，不包括政府補助款及其研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。

一、中小企業之組織系統圖及研究人員名冊。

二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。

三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。

四、研究計畫、紀錄或報告。

五、其他有關證明文件。

依本辦法申請專供研究發展用之專利權、專用技術、著作權、專業性或特殊性之資料庫、軟體程式及系統，於購置之次日起三年內，轉借、出租、轉售、退貨或變更原使用目的者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自當年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但因中小企業進行合併、分割或依企業併購法第二十七條或第二十八條規定收購，而移轉予合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司，且繼續從事符合本辦法規定之研究發展者，不在此限。

依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之中小企業，其當年度申報之研究發展支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受獎勵待遇之規定處理。

已依其他法規享有租稅優惠者，不得就同一事項重複享有本辦法所定之獎勵。