本辦法補助申請截止日，每學年度第一學期為十月十五日，第二學期為四月十五日。
第四條第一項第一款第一目就學補助，由幼兒園逕予減免；同款第二目就學補助，由私立幼兒園或互助教保服務中心於幼兒實際就讀滿一個月後，主動造冊向直轄市、縣（市）主管機關辦理請款。
第四條第一項第一款第三目及第二款第二目補助，依下列規定辦理：
一、中央主管機關向有關機關查調戶籍、財稅及其他相關資料，確認幼兒之父母或監護人之補助資格，將其補助資格查調結果，交直轄市、縣（市）主管機關轉知父母或監護人。
二、父母或監護人對前款查調結果有疑義者，得檢附證明文件、資料，交由教保服務機構向直轄市、縣（市）主管機關確認其補助資格。
三、直轄市、縣（市）主管機關依前二款規定確認補助資格後，應通知教保服務機構轉知父母或監護人，並由教保服務機構向直轄市、縣（市）主管機關辦理請款事項。
第四條第一項第二款第一目就學補助，依直轄市、縣（市）主管機關所定規定辦理。
第四條第二項就學補助之撥款事宜，依中央主管機關學前教育相關補助規定辦理。
教保服務機構應於直轄市、縣（市）主管機關指定期限內，檢具各學期符合補助規定之幼兒申領清冊及繳費收據等相關資料，向直轄市、縣（市）主管機關申請。
本辦法所定各項補助，直轄市、縣（市）主管機關應指派專人依補助類別，採隨到隨辦方式辦理，並於教保服務機構報補助申領資料後一個月內，完成審核及撥款程序。
教保服務機構應就補助款撥付方式，以書面通知父母或監護人。採預先扣繳者，得免轉撥款項；未預先扣繳者，教保服務機構應於直轄市、縣（市）主管機關撥付補助款後，立即轉撥父母或監護人。直轄市、縣（市）主管機關應定期抽檢教保服務機構撥款紀錄。